Development of Design Rules for Reliable Antisense RNA Behavior in E. coli

合成生物学 合理设计 计算生物学 核糖核酸 反义RNA 生物 计算机科学 正交性 遗传学 生化工程 基因 工程类 数学 几何学
作者
Allison Hoynes-O’Connor,Tae Seok Moon
出处
期刊:ACS Synthetic Biology [American Chemical Society]
卷期号:5 (12): 1441-1454 被引量:55
标识
DOI:10.1021/acssynbio.6b00036
摘要

A key driver of synthetic biology is the development of designable genetic parts with predictable behaviors that can be quickly implemented in complex genetic systems. However, the intrinsic complexity of gene regulation can make the rational design of genetic parts challenging. This challenge is apparent in the design of antisense RNA (asRNA) regulators. Though asRNAs are well-known regulators, the literature governing their design is conflicting and leaves the synthetic biology community without clear asRNA design rules. The goal of this study is to perform a comprehensive experimental characterization and statistical analysis of 121 unique asRNA regulators in order to resolve the conflicts that currently exist in the literature. asRNAs usually consist of two regions, the Hfq binding site and the target binding region (TBR). First, the behaviors of several high-performing Hfq binding sites were compared, in terms of their ability to improve repression efficiencies and their orthogonality. Next, a large-scale analysis of TBR design parameters identified asRNA length, the thermodynamics of asRNA–mRNA complex formation, and the percent of target mismatch as key parameters for TBR design. These parameters were used to develop simple asRNA design rules. Finally, these design rules were applied to construct both a simple and a complex genetic circuit containing different asRNAs, and predictable behavior was observed in both circuits. The results presented in this study will drive synthetic biology forward by providing useful design guidelines for the construction of asRNA regulators with predictable behaviors.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
12秒前
秋半梦完成签到,获得积分10
14秒前
李爱国应助科研通管家采纳,获得10
17秒前
科研通AI2S应助科研通管家采纳,获得10
17秒前
搜集达人应助科研通管家采纳,获得10
17秒前
打地鼠工人完成签到,获得积分10
18秒前
彩色半烟完成签到,获得积分10
20秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
24秒前
Ning完成签到,获得积分10
27秒前
图图完成签到,获得积分10
27秒前
勤奋的灯完成签到 ,获得积分10
27秒前
ludong_0完成签到,获得积分10
27秒前
Asumita完成签到,获得积分10
28秒前
双青豆完成签到 ,获得积分10
28秒前
30秒前
fxy完成签到 ,获得积分10
31秒前
合适的幻然完成签到,获得积分10
31秒前
沐雨汐完成签到,获得积分10
33秒前
35秒前
36秒前
jiayoujijin完成签到 ,获得积分10
36秒前
淡然思卉完成签到,获得积分10
37秒前
争当科研巨匠完成签到,获得积分10
37秒前
英姑应助认真的刺猬采纳,获得10
44秒前
好大一只小坏蛋完成签到,获得积分20
44秒前
站走跑完成签到 ,获得积分10
47秒前
步步高完成签到,获得积分10
49秒前
无私的雪瑶完成签到 ,获得积分10
49秒前
小杨完成签到,获得积分20
50秒前
小花完成签到 ,获得积分10
55秒前
宁夕完成签到 ,获得积分10
59秒前
西宁完成签到,获得积分10
59秒前
拼搏的羊青完成签到 ,获得积分10
1分钟前
科目三应助asd113采纳,获得10
1分钟前
deng203完成签到 ,获得积分20
1分钟前
1分钟前
时米米米完成签到,获得积分10
1分钟前
浅浅完成签到,获得积分10
1分钟前
量子星尘发布了新的文献求助10
1分钟前
帅气的藏鸟完成签到,获得积分10
1分钟前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038066
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575779
关于积分的说明 11373801
捐赠科研通 3305584
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819239
邀请新用户注册赠送积分活动 892655
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022