Specific expression network analysis of diabetic nephropathy kidney tissue revealed key methylated sites

小桶 表观遗传学 基因 生物 遗传学 DNA甲基化 发病机制 基因表达 计算生物学 免疫学 转录组
作者
Yanzhe Wang,Wenwei Xu,Dingyu Zhu,Nan Zhang,Yonglan Wang,Miao Ding,Xinmiao Xie,Linlin Sun,Xiaoxia Wang
出处
期刊:Journal of Cellular Physiology [Wiley]
卷期号:233 (10): 7139-7147 被引量:23
标识
DOI:10.1002/jcp.26638
摘要

Diabetic nephropathy (DN) is one of the most common and serious complication in diabetes patients. However, the evidences of gene regulation mechanism and epigenetic modification with DN remain unclear. Therefore, it is necessary to search regulating genes for early diagnosis on DN. We identified tissue specific genes through mining the gene expression omnibus (GEO) public database, enriched function by gene ontology (GO), and kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) analysis, and further compared tissue-specific network. Meanwhile, combining with differentially methylated sites, we explored the association epigenetic modification with the pathogenesis of DN. Glomeruli (Glom) may be the main tissue of signal recognition and tubulointerstitium (Tub) is mainly associated with energy metabolism in the occurrence of DN. By comparing tissue-specific networks between Glom and Tub, we screened 319 genes, which played an important role in multiple tissue on kidney. Among them, ANXA2, UBE2L6, MME, IQGAP, SLC7A7, and PLG played a key role in regulating the incidence of DN. Besides, we also identified 1 up-regulated gene (PIK3C2B) and 39 down-regulated genes (POLR2G, DDB1, and ZNF230, etc.) in the methylated data of Glom specific genes. In the Tub specific expressed genes, we identified two hypo-methylated genes (PPARA and GLS). Tub mainly caused abnormal energy metabolism, and Glom caused the changes in cell connections and histone modification. By analyzing differentially methylated sites and tissue-specific expressed genes, we found the change of methylated status about the core regulating genes may be a potential factor in the pathogenesis of DN.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
Driscoll完成签到 ,获得积分10
2秒前
思无邪完成签到 ,获得积分10
2秒前
任性星星完成签到 ,获得积分10
8秒前
yupingqin完成签到 ,获得积分10
10秒前
dajiejie完成签到 ,获得积分10
12秒前
大乐完成签到 ,获得积分10
15秒前
zenabia完成签到 ,获得积分10
15秒前
菠萝蜜完成签到,获得积分10
16秒前
23秒前
Leofar完成签到 ,获得积分10
24秒前
每天都很忙完成签到 ,获得积分10
25秒前
spiritpope发布了新的文献求助10
28秒前
宝宝巴士驾驶员完成签到,获得积分10
31秒前
FireNow完成签到 ,获得积分10
31秒前
天天快乐应助咕噜咕噜采纳,获得10
31秒前
小事完成签到 ,获得积分10
32秒前
weijie完成签到,获得积分10
36秒前
科研临床两手抓完成签到 ,获得积分10
36秒前
Muccio完成签到 ,获得积分10
41秒前
tangchao完成签到,获得积分10
42秒前
xingxing完成签到 ,获得积分10
45秒前
EMMACao完成签到,获得积分10
45秒前
萧水白完成签到,获得积分10
45秒前
benny279完成签到,获得积分10
46秒前
Zero完成签到,获得积分10
49秒前
orixero应助司徒无剑采纳,获得10
51秒前
汕头凯奇完成签到,获得积分10
53秒前
高高菠萝完成签到 ,获得积分10
54秒前
Dawn完成签到,获得积分10
55秒前
咕噜咕噜完成签到,获得积分10
1分钟前
纳米完成签到 ,获得积分10
1分钟前
娜写年华完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
科研通AI2S应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
汉堡包应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
陈坤完成签到,获得积分10
1分钟前
鱼儿忆流年完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
梧桐雨210完成签到 ,获得积分10
1分钟前
笑林完成签到 ,获得积分10
1分钟前
高分求助中
Spray / Wall-interaction Modelling by Dimensionless Data Analysis 2000
ALA生合成不全マウスでの糖代謝異常の分子機構解析 520
安全防范技术与工程 500
Mathematics and Finite Element Discretizations of Incompressible Navier—Stokes Flows 500
2024 Medicinal Chemistry Reviews 400
Актуализированная стратиграфическая схема триасовых отложений Прикаспийского региона. Объяснительная записка 360
Dictionary of socialism 350
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3192710
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2841763
关于积分的说明 8034633
捐赠科研通 2505463
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1338603
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 638372
邀请新用户注册赠送积分活动 606929