Reprogrammed tracrRNAs enable repurposing of RNAs as crRNAs and sequence-specific RNA biosensors

反式激活crRNA 清脆的 核糖核酸 引导RNA Cas9 计算生物学 生物 遗传学 基因
作者
Yang Liu,Filipe Pinto,Xinyi Wan,Zhugen Yang,Shuguang Peng,Mengxi Li,Jonathan M. Cooper,Zhen Xie,Christopher E. French,Baojun Wang
出处
期刊:Nature Communications [Springer Nature]
卷期号:13 (1) 被引量:18
标识
DOI:10.1038/s41467-022-29604-x
摘要

In type II CRISPR systems, the guide RNA (gRNA) comprises a CRISPR RNA (crRNA) and a hybridized trans-acting CRISPR RNA (tracrRNA), both being essential in guided DNA targeting functions. Although tracrRNAs are diverse in sequence and structure across type II CRISPR systems, the programmability of crRNA-tracrRNA hybridization for Cas9 is not fully understood. Here, we reveal the programmability of crRNA-tracrRNA hybridization for Streptococcus pyogenes Cas9, and in doing so, redefine the capabilities of Cas9 proteins and the sources of crRNAs, providing new biosensing applications for type II CRISPR systems. By reprogramming the crRNA-tracrRNA hybridized sequence, we show that engineered crRNA-tracrRNA interactions can not only enable the design of orthogonal cellular computing devices but also facilitate the hijacking of endogenous small RNAs/mRNAs as crRNAs. We subsequently describe how these re-engineered gRNA pairings can be implemented as RNA sensors, capable of monitoring the transcriptional activity of various environment-responsive genomic genes, or detecting SARS-CoV-2 RNA in vitro, as an Atypical gRNA-activated Transcription Halting Alarm (AGATHA) biosensor.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
GOING发布了新的文献求助10
刚刚
天天快乐应助小酒窝采纳,获得10
刚刚
徐裘完成签到,获得积分10
1秒前
jl完成签到,获得积分20
1秒前
Arthur完成签到 ,获得积分10
1秒前
领导范儿应助独特的凝荷采纳,获得10
1秒前
Ning_完成签到 ,获得积分10
1秒前
xdb12345完成签到,获得积分10
2秒前
cure发布了新的文献求助10
2秒前
是我本人发布了新的文献求助10
2秒前
写不出论文的垃圾完成签到 ,获得积分10
3秒前
3秒前
3秒前
小香草发布了新的文献求助20
3秒前
sunxs发布了新的文献求助10
5秒前
李爱国应助小郭子采纳,获得10
5秒前
澈哩完成签到,获得积分10
5秒前
6秒前
情怀应助咕咕采纳,获得10
7秒前
7秒前
易子完成签到 ,获得积分10
9秒前
www999完成签到,获得积分10
9秒前
jxas发布了新的文献求助10
9秒前
9秒前
10秒前
cqh完成签到,获得积分10
10秒前
yun完成签到 ,获得积分10
10秒前
10秒前
10秒前
11秒前
孟梦完成签到 ,获得积分10
11秒前
魅力蜗牛完成签到,获得积分10
11秒前
11秒前
桐桐应助sbrcpyf采纳,获得10
11秒前
lz发布了新的文献求助10
12秒前
12秒前
12秒前
白明完成签到,获得积分10
12秒前
hushidi发布了新的文献求助10
13秒前
Sunset完成签到 ,获得积分10
14秒前
高分求助中
Evolution 10000
Sustainability in Tides Chemistry 2800
юрские динозавры восточного забайкалья 800
English Wealden Fossils 700
An Introduction to Geographical and Urban Economics: A Spiky World Book by Charles van Marrewijk, Harry Garretsen, and Steven Brakman 500
Diagnostic immunohistochemistry : theranostic and genomic applications 6th Edition 500
Chen Hansheng: China’s Last Romantic Revolutionary 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3151113
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2802591
关于积分的说明 7848835
捐赠科研通 2459966
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1309420
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 628897
版权声明 601757