Next‐Generation Sequencing to Characterize Mitochondrial Genomic DNA Heteroplasmy

异质性 线粒体DNA 生物 DNA测序 遗传学 计算生物学 基因组 人类线粒体遗传学 基因组DNA 基因组学 DNA 分子生物学 基因
作者
Zeyu Yang,Jesse Slone,Taosheng Huang
出处
期刊:Current protocols [Wiley]
卷期号:2 (5) 被引量:5
标识
DOI:10.1002/cpz1.412
摘要

Mitochondria play a very important role in many crucial cellular functions. Each eukaryotic cell contains hundreds of mitochondria with hundreds of mitochondrial genomes. Mutant and wild-type mitochondrial DNA (mtDNA) may co-exist as heteroplasmy and cause human disease. The purpose of the protocols in this article is to simultaneously determine the mtDNA sequence and quantify the heteroplasmy level using parallel sequencing. The protocols include mitochondrial genomic DNA PCR amplification of two full-length products using two distinct sets of PCR primers. The PCR products are mixed at an equimolar ratio, and the samples are then barcoded and sequenced with high-throughput next-generation sequencing technology. This technology is highly sensitive, specific, and accurate in determining mtDNA mutations and the degree/level of heteroplasmy. © 2022 Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: PCR amplification of mitochondrial DNA Basic Protocol 2: Analysis of next-generation sequencing of mitochondrial DNA Basic Protocol 3: Mutect2 pipeline for automated sample processing and large-scale data analysis.
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