Population Genomic Analysis of Diploid-Autopolyploid Species

生物 倍性 多倍体 群体基因组学 基因组 人口 选择(遗传算法) 自然选择 进化生物学 遗传学 计算生物学 基因组学 基因 计算机科学 社会学 人口学 人工智能
作者
Magdalena Bohutínská,Jakub Vlček,Patrick J. Monnahan,Filip Kolář
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 297-324 被引量:4
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-2561-3_16
摘要

This chapter outlines an empirical analysis of genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) variation and its underlying drivers among multiple natural populations within a diploid-autopolyploid species. The aim is to reconstruct the genetic structure among natural populations of varying ploidy and infer footprints of selection in these populations, framed around specific questions that are typically encountered when analyzing a mixed-ploidy data set,e.g., addressing the relevance of natural whole-genome duplication for speciation and adaptation. We briefly review the options for the analysis of polyploid population genomic data involving variant calling, population structure, demographic history inference, and selection scanning approaches. Further, we provide suggestions for methods and associated software, possible caveats, and examples of their application to mixed-ploidy and autopolyploid data sets.
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