Leveraging decagonal in-silico strategies for uncovering IL-6 inhibitors with precision

小分子 化学 甲氨蝶呤 人口 生物信息学 药理学 类风湿性关节炎 计算生物学 生物信息学 医学 生物化学 生物 免疫学 基因 环境卫生
作者
Akey Krishna Swaroop,P. K. Krishnan Namboori,M. Esakkimuthukumar,Praveen Thaggikuppe Krishnamurthy,Nagarjuna Palathoti,Sunil Kumar Patnaik,Jubie Selvaraj
出处
期刊:Computers in Biology and Medicine [Elsevier BV]
卷期号:163: 107231-107231 被引量:9
标识
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107231
摘要

Interleukin-6 upregulation leads to various acute phase reactions such as local inflammation and systemic inflammation in many diseases like cancer, multiple sclerosis, rheumatoid arthritis, anemia, and Alzheimer's disease stimulating JAK/STAT3, Ras/MAPK, PI3K-PKB/Akt pathogenic pathways. Since no small molecules are available in the market against IL-6 till now, we have designed a class of small bioactive 1,3 - indanedione (IDC) molecules for inhibiting IL-6 using a decagonal approach computational studies. The IL-6 mutations were mapped in the IL-6 protein (PDB ID: 1ALU) from thorough pharmacogenomic and proteomics studies. The protein-drug interaction networking analysis for 2637 FFDA-approved drugs with IL-6 protein using Cytoscape software showed that 14 drugs have prominent interactions with IL-6. Molecular docking studies showed that the designed compound IDC-24 (-11.8 kcal/mol) and methotrexate (-5.20) bound most strongly to the 1ALU south asian population mutated protein. MMGBSA results indicated that IDC-24 (-41.78 kcal/mol) and methotrexate (-36.81 kcal/mol) had the highest binding energy when compared to the standard molecules LMT-28 (-35.87 kcal/mol) and MDL-A (-26.18 kcal/mol). These results we substantiated by the molecular dynamic studies in which the compound IDC-24 and the methotrexate had the highest stability. Further, the MMPBSA computations produced energies of -28 kcal/mol and -14.69 kcal/mol for IDC-24 and LMT-28. KDeep absolute binding affinity computations revealed energies of -5.81 kcal/mol and -4.74 kcal/mol for IDC-24 and LMT-28 respectively. Finally, our decagonal approach established the compound IDC-24 from the designed 1,3-indanedione library and methotrexate from protein drug interaction networking as suitable HITs against IL-6.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
桃花源的瓶起子完成签到 ,获得积分10
1秒前
平凡世界完成签到 ,获得积分10
2秒前
YYLLTX完成签到,获得积分10
3秒前
畅快山兰完成签到 ,获得积分10
3秒前
gaoxiaogao完成签到,获得积分10
3秒前
舒适怀寒完成签到 ,获得积分10
3秒前
shenglll完成签到 ,获得积分10
7秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
8秒前
普鲁卡因发布了新的文献求助10
13秒前
Liang完成签到,获得积分10
14秒前
爱思考的小笨笨完成签到,获得积分10
15秒前
123456完成签到 ,获得积分10
15秒前
小飞完成签到 ,获得积分10
16秒前
俞斐完成签到,获得积分10
17秒前
我超爱cs完成签到,获得积分10
17秒前
爱因斯坦那个和我一样的科学家完成签到,获得积分10
24秒前
彭a完成签到,获得积分10
24秒前
Migrol完成签到,获得积分10
25秒前
高兴的小完成签到,获得积分10
25秒前
蕉鲁诺蕉巴纳完成签到,获得积分0
27秒前
慕青应助普鲁卡因采纳,获得10
27秒前
御剑乘风来完成签到,获得积分10
27秒前
李牛牛完成签到,获得积分10
31秒前
等待的代容完成签到,获得积分10
33秒前
传奇3应助小南孩采纳,获得10
33秒前
尊敬飞丹完成签到,获得积分10
34秒前
36秒前
离岸完成签到,获得积分10
36秒前
tian完成签到,获得积分10
38秒前
普鲁卡因发布了新的文献求助10
40秒前
daijk完成签到,获得积分10
41秒前
43秒前
风趣的烨磊完成签到,获得积分10
46秒前
仝富贵完成签到,获得积分10
47秒前
小南孩发布了新的文献求助10
48秒前
奔铂儿钯完成签到,获得积分10
49秒前
跳跃山柳完成签到,获得积分10
51秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
53秒前
小南孩完成签到,获得积分10
56秒前
脑洞疼应助普鲁卡因采纳,获得10
1分钟前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038112
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575788
关于积分的说明 11373801
捐赠科研通 3305604
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819255
邀请新用户注册赠送积分活动 892655
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022