Exploring Biomolecular Conformational Dynamics with Polarizable Force Field AMOEBA and Enhanced Sampling Method Milestoning

生物分子 力场(虚构) 分子动力学 伞式取样 构象集合 极化率 热力学积分 化学物理 纳米技术 统计物理学 化学 计算化学 材料科学 物理 分子 量子力学 有机化学
作者
Xudong Yang,Chengwen Liu,Pengyu Ren
出处
期刊:Journal of Chemical Theory and Computation [American Chemical Society]
卷期号:20 (10): 4065-4075
标识
DOI:10.1021/acs.jctc.4c00053
摘要

Conformational dynamics play a crucial role in determining the behavior of the biomolecules. Polarizable force fields, such as AMOEBA, can accurately capture electrostatic interactions underlying the conformational space. However, applying a polarizable force field in molecular dynamics (MD) simulations can be computationally expensive, especially in studying long-time-scale dynamics. To overcome this challenge, we incorporated the AMOEBA potential with Milestoning, an enhanced sampling method in this work. This integration allows us to efficiently sample the rare and important conformational states of a biomolecule by using many short and independent molecular dynamics trajectories with the AMOEBA force field. We applied this method to investigate the conformational dynamics of alanine dipeptide, DNA, and RNA A-B form conversion. Well-converged thermodynamic and kinetic properties were obtained, including the free energy difference, mean first passage time, and critical transitions between states. Our results demonstrate the power of integrating polarizable force fields with enhanced sampling methods in quantifying the thermodynamic and kinetic properties of biomolecules at the atomic level.
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