Software Pipeline and Data Analysis for MS/MS Proteomics: The Trans-Proteomic Pipeline

鸟枪蛋白质组学 管道(软件) 数据库搜索引擎 蛋白质组学 工作流程 计算机科学 软件 原始数据 样品(材料) 数据挖掘 错误发现率 定量蛋白质组学 计算生物学 数据库 搜索引擎 色谱法 化学 情报检索 生物 操作系统 生物化学 基因 程序设计语言
作者
Andrew Keller,David Shteynberg
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 169-189 被引量:39
标识
DOI:10.1007/978-1-60761-977-2_12
摘要

The LC-MS/MS shotgun proteomics workflow is widely used to identify and quantify sample peptides and proteins. The technique, however, presents a number of challenges for large-scale use, including the diverse raw data file formats output by mass spectrometers, the large false positive rate among peptide assignments to MS/MS spectra, and the loss of connectivity between identified peptides and the sample proteins that gave rise to them. Here we describe the Trans-Proteomic Pipeline, a freely available open source software suite that provides uniform analysis of LC-MS/MS data from raw data to quantified sample proteins. In a straightforward manner, users can extract MS/MS information from raw data of many instrument formats, submit them to search engines for peptide identification, validate the results to remove false hits, combine together results of multiple search engines, infer sample proteins that gave rise to the identified peptides, and perform quantitation at the peptide and protein levels.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
Jasper应助林子青采纳,获得10
刚刚
Lucas应助自然的亦巧采纳,获得10
刚刚
英俊的铭应助小梦采纳,获得10
刚刚
莫默发布了新的文献求助10
刚刚
1秒前
1秒前
Refuel发布了新的文献求助10
2秒前
YamDaamCaa应助苏苏采纳,获得30
2秒前
7wnc完成签到,获得积分10
3秒前
Lucas应助隐形静芙采纳,获得10
3秒前
ED应助悦耳的果汁采纳,获得10
4秒前
hhw发布了新的文献求助10
5秒前
vv完成签到 ,获得积分10
5秒前
yufanhui应助阳佟半仙采纳,获得10
6秒前
6秒前
许初完成签到,获得积分10
6秒前
7秒前
SciGPT应助黎书禾采纳,获得10
8秒前
9秒前
李龙章完成签到,获得积分20
9秒前
mou完成签到 ,获得积分10
9秒前
小二郎应助王sir采纳,获得10
10秒前
SCISSH完成签到 ,获得积分10
11秒前
孙Tuan发布了新的文献求助10
11秒前
11秒前
11秒前
ncjdoi发布了新的文献求助10
11秒前
隐形蛋挞完成签到,获得积分10
11秒前
景三完成签到,获得积分10
12秒前
12秒前
7wnc发布了新的文献求助10
13秒前
共享精神应助王小玮采纳,获得10
13秒前
qqqxl发布了新的文献求助10
13秒前
14秒前
开心的双双完成签到,获得积分20
15秒前
樱桃汽水怪兽完成签到,获得积分10
15秒前
胡萝卜发布了新的文献求助10
15秒前
略略略应助视野胤采纳,获得20
16秒前
FFGC发布了新的文献求助10
16秒前
17秒前
高分求助中
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 700
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
Effective Learning and Mental Wellbeing 300
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3974797
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3519250
关于积分的说明 11197623
捐赠科研通 3255405
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1797769
邀请新用户注册赠送积分活动 877156
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 806202