CoLoRd: compressing long reads

计算机科学 DNA测序 下游(制造业) 人气 数据挖掘 生物 DNA 遗传学 工程类 社会心理学 心理学 运营管理
作者
Marek Kokot,Adam Gudyś,Heng Li,Sebastian Deorowicz
出处
期刊:Nature Methods [Springer Nature]
卷期号:19 (4): 441-444 被引量:10
标识
DOI:10.1038/s41592-022-01432-3
摘要

The cost of maintaining exabytes of data produced by sequencing experiments every year has become a major issue in today's genomic research. In spite of the increasing popularity of third-generation sequencing, the existing algorithms for compressing long reads exhibit a minor advantage over the general-purpose gzip. We present CoLoRd, an algorithm able to reduce the size of third-generation sequencing data by an order of magnitude without affecting the accuracy of downstream analyses.
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