GRAMM Web Server for Protein Docking

对接(动物) 计算机科学 Web服务器 万维网 互联网 医学 护理部
作者
Amar Singh,Matthew M. Copeland,Petras J. Kundrotas,Ilya A. Vakser
出处
期刊:Methods in molecular biology 卷期号:: 101-112 被引量:9
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-3441-7_5
摘要

Prediction of the structure of protein complexes by docking methods is a well-established research field. The intermolecular energy landscapes in protein-protein interactions can be used to refine docking predictions and to detect macro-characteristics, such as the binding funnel. A new GRAMM web server for protein docking predicts a spectrum of docking poses that characterize the intermolecular energy landscape in protein interaction. A user-friendly interface provides options to choose free or template-based docking, as well as other advanced features, such as clustering of the docking poses, and interactive visualization of the docked models.
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