IST-editing: Infinite spatial transcriptomic editing in a generated gigapixel mouse pup

计算机科学 推论 转录组 图像编辑 仿形(计算机编程) 基因表达谱 计算生物学 表达式(计算机科学) 基因 人工智能 基因表达 生物 图像(数学) 程序设计语言 遗传学
作者
Jiqing Wu,Ingrid Berg,Viktor H. Koelzer
标识
DOI:10.1101/2023.12.23.573175
摘要

ABSTRACT Advanced spatial transcriptomics (ST) techniques provide comprehensive insights into complex living systems across multiple scales, while simultaneously posing challenges in bioimage analysis. The spatial co-profiling of biological tissues by gigapixel whole slide images (WSI) and gene expression arrays motivates the development of innovative and efficient algorithmic approaches. Using Generative Adversarial Nets (GAN), we introduce I nfinite S patial T ranscriptomic e diting (IST-editing) and establish gene expression-guided editing in a generated gigapixel mouse pup. Trained with patch-wise high-plex gene expression (input) and matched image data (output), IST-editing enables the synthesis of arbitrarily large bioimages at inference, e.g ., with a 106496×53248 resolution. After feeding edited gene expressions to the trained network, we model cell-, tissue- and animal-level morphological transitions in the generated mouse pup. Lastly, we discuss and evaluate editing effects on interpretable morphological features. The generated WSIs of the mouse pup and code are publicly released and accessible via https://github.com/CTPLab/IST-editing .

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
gaomeizhen完成签到,获得积分10
刚刚
包包琪完成签到 ,获得积分10
刚刚
LY完成签到 ,获得积分10
刚刚
rika0429发布了新的文献求助10
1秒前
clay_park完成签到,获得积分10
1秒前
妙aaa完成签到,获得积分10
1秒前
xujy发布了新的文献求助10
1秒前
1秒前
CodeCraft应助沉默迎南采纳,获得10
2秒前
西红柿完成签到,获得积分10
2秒前
Attempter发布了新的文献求助10
4秒前
1028181661发布了新的文献求助10
5秒前
yxy完成签到,获得积分10
5秒前
小陀螺完成签到,获得积分10
5秒前
yaoyao发布了新的文献求助10
5秒前
黑暗的白露繁星完成签到,获得积分0
5秒前
Self完成签到,获得积分10
6秒前
kong完成签到 ,获得积分20
6秒前
科研完成签到,获得积分10
7秒前
小胖卷毛完成签到,获得积分10
7秒前
简珹楚完成签到 ,获得积分10
7秒前
Gentle完成签到,获得积分10
7秒前
8秒前
不摸鱼上啥班完成签到,获得积分10
8秒前
正直涵菱完成签到 ,获得积分10
8秒前
小乌云完成签到,获得积分20
8秒前
orixero应助轩1采纳,获得10
8秒前
CZF完成签到,获得积分10
9秒前
changl2023完成签到,获得积分10
9秒前
橙汁完成签到,获得积分10
9秒前
9秒前
上官若男应助88采纳,获得10
9秒前
YG完成签到,获得积分10
10秒前
可靠雪雪完成签到,获得积分10
10秒前
10秒前
鹏程完成签到,获得积分10
10秒前
传奇3应助lfzw采纳,获得30
11秒前
Zelytnn.Lo完成签到,获得积分10
12秒前
JCao727完成签到,获得积分10
12秒前
zyyyy发布了新的文献求助10
12秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Cognitive Neuroscience: The Biology of the Mind 1000
Technical Brochure TB 814: LPIT applications in HV gas insulated switchgear 1000
Immigrant Incorporation in East Asian Democracies 600
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
A Preliminary Study on Correlation Between Independent Components of Facial Thermal Images and Subjective Assessment of Chronic Stress 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3968719
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3513608
关于积分的说明 11168681
捐赠科研通 3248960
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1794573
邀请新用户注册赠送积分活动 875194
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 804716