A MassQL-Integrated Molecular Networking Approach for the Discovery and Substructure Annotation of Bioactive Cyclic Peptides

下部结构 注释 环肽 串联质谱法 氨基酸 精氨酸 丙氨酸 立体化学 计算生物学 生物 化学 质谱法 生物化学 生物信息学 工程类 结构工程 色谱法
作者
Tim Berger,Judith Alenfelder,Sophie A. M. Steinmüller,Dominik Heimann,Namrata Gohain,Daniel Petras,Mingxun Wang,Robert Berger,Evi Kostenis,Raphael Reher
出处
期刊:Journal of Natural Products [American Chemical Society]
卷期号:87 (4): 692-704
标识
DOI:10.1021/acs.jnatprod.3c00750
摘要

The marine sponge-derived fungus Stachylidium bicolor 293 K04 is a prolific producer of specialized metabolites, including certain cyclic tetrapeptides called endolides, which are characterized by the presence of the unusual amino acid N-methyl-3-(3-furyl)-alanine. This rare feature can be used as bait to detect new endolide-like analogs through customized fragment pattern searches of tandem mass spectrometry data using the Mass Spec Query Language (MassQL). Here, we integrate endolide-specific MassQL queries with molecular networking to obtain substructural information guiding the targeted isolation and structure elucidation of the new proline-containing endolides E (1) and F (2). We showed that endolide F (but not E) is a moderate antagonist of the arginine vasopressin V1A receptor, a member of the G protein-coupled receptor superfamily.
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