Deconvolution of Complex DNA Repair (DECODR): Establishing a Novel Deconvolution Algorithm for Comprehensive Analysis of CRISPR-Edited Sanger Sequencing Data

索引 清脆的 计算生物学 桑格测序 生物 反褶积 DNA测序 DNA 遗传学 人口 基因 计算机科学 算法 基因型 单核苷酸多态性 人口学 社会学
作者
Kevin Bloh,Rohan Kanchana,Pawel Bialk,Kelly Banas,Zugui Zhang,Byung-Chun Yoo,Eric B. Kmiec
出处
期刊:The CRISPR journal [Mary Ann Liebert, Inc.]
卷期号:4 (1): 120-131 被引量:83
标识
DOI:10.1089/crispr.2020.0022
摘要

During CRISPR-directed gene editing, multiple gene repair mechanisms interact to produce a wide and largely unpredictable variety of sequence changes across an edited population of cells. Shortcomings inherent to previously available proposal-based insertion and deletion (indel) analysis software necessitated the development of a more comprehensive tool that could detect a larger range and variety of indels while maintaining the ease of use of tools currently available. To that end, we developed
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