Benchmarking of local genetic correlation estimation methods using summary statistics from genome-wide association studies

相关性 全基因组关联研究 联想(心理学) 估计 遗传关联 统计 生物 计算机科学 标杆管理 数据挖掘 计算生物学 遗传学 数学 单核苷酸多态性 工程类 基因型 基因 心理学 几何学 营销 业务 系统工程 心理治疗师
作者
Chi Zhang,Yiliang Zhang,Yunxuan Zhang,Hongyu Zhao
出处
期刊:Briefings in Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:24 (6) 被引量:3
标识
DOI:10.1093/bib/bbad407
摘要

Local genetic correlation evaluates the correlation of additive genetic effects between different traits across the same genetic variants at a genomic locus. It has been proven informative for understanding the genetic similarities of complex traits beyond that captured by global genetic correlation calculated across the whole genome. Several summary-statistics-based approaches have been developed for estimating local genetic correlation, including $\rho$-hess, SUPERGNOVA and LAVA. However, there has not been a comprehensive evaluation of these methods to offer practical guidelines on the choices of these methods. In this study, we conduct benchmark comparisons of the performance of these three methods through extensive simulation and real data analyses. We focus on two technical difficulties in estimating local genetic correlation: sample overlaps across traits and local linkage disequilibrium (LD) estimates when only the external reference panels are available. Our simulations suggest the likelihood of incorrectly identifying correlated regions and local correlation estimation accuracy are highly dependent on the estimation of the local LD matrix. These observations are corroborated by real data analyses of 31 complex traits. Overall, our findings illuminate the distinct results yielded by different methods applied in post-genome-wide association studies (post-GWAS) local correlation studies. We underscore the sensitivity of local genetic correlation estimates and inferences to the precision of local LD estimation. These observations accentuate the vital need for ongoing refinement in methodologies.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
MEDwhy完成签到,获得积分10
1秒前
1秒前
雨声完成签到,获得积分10
2秒前
DueR发布了新的文献求助10
2秒前
Liufgui应助YJ888采纳,获得10
2秒前
3秒前
5秒前
6秒前
学术蝗虫发布了新的文献求助10
7秒前
好好好完成签到,获得积分10
7秒前
王某发布了新的文献求助30
7秒前
7秒前
张兔子关注了科研通微信公众号
12秒前
难过冷玉发布了新的文献求助10
12秒前
逸晨发布了新的文献求助10
12秒前
15秒前
15秒前
水蜜桃幽灵完成签到,获得积分20
17秒前
难过冷玉完成签到,获得积分10
18秒前
a雪橙发布了新的文献求助10
19秒前
19秒前
Hina发布了新的文献求助30
19秒前
eueurhj完成签到,获得积分10
21秒前
多情邑发布了新的文献求助10
22秒前
上官若男应助逸晨采纳,获得10
22秒前
Akim应助阿童木采纳,获得10
22秒前
好好好发布了新的文献求助10
23秒前
23秒前
郑伟李完成签到,获得积分10
24秒前
24秒前
25秒前
石大大完成签到,获得积分10
25秒前
Akim应助宝贝丫头采纳,获得10
25秒前
奥特超曼应助宝贝丫头采纳,获得10
25秒前
王某完成签到,获得积分20
26秒前
善学以致用应助幸福大白采纳,获得10
26秒前
莫言发布了新的文献求助10
27秒前
28秒前
可爱玫瑰完成签到,获得积分10
28秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
‘Unruly’ Children: Historical Fieldnotes and Learning Morality in a Taiwan Village (New Departures in Anthropology) 400
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3989550
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3531774
关于积分的说明 11254747
捐赠科研通 3270278
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1804966
邀请新用户注册赠送积分活动 882125
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809176