Methods, bioinformatics tools and databases in ecDNA research: An overview

计算机科学 生物信息学 数据库 医学 生物
作者
Xinyu Zhao,Huan Zhao,Yupeng Liu,Zhiyun Guo
出处
期刊:Computers in Biology and Medicine [Elsevier BV]
卷期号:167: 107680-107680 被引量:5
标识
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107680
摘要

Extrachromosomal DNA (ecDNA), derived from chromosomes, is a cancer-specific circular DNA molecule. EcDNA drives tumor initiation and progression, which is associated with poor clinical outcomes and drug resistance in a wide range of cancers. Although ecDNA was first discovered in 1965, tremendous technological revolutions in recent years have provided crucial new insights into its key biological functions and regulatory mechanisms. Here, we provide a thorough overview of the methods, bioinformatics tools, and database resources used in ecDNA research, mainly focusing on their performance, strengths, and limitations. This study can provide important reference for selecting the most appropriate method in ecDNA research. Furthermore, we offer suggestions for the current bioinformatics analysis of ecDNA and provide an outlook to the future research.
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