Molecular Dynamics Simulations of a Protein in Water and in Vacuum to Study the Solvent Effect

分子动力学 分子 溶剂 水模型 动力学(音乐) 力场(虚构) 化学物理 溶剂模型 化学 计算化学 朊蛋白 材料科学 物理 溶剂化 有机化学 病理 疾病 医学 量子力学 声学
作者
Nitin Sharma,Madhvi Shakya
出处
期刊:Advances in intelligent systems and computing 卷期号:: 49-56
标识
DOI:10.1007/978-981-13-0761-4_5
摘要

Molecular dynamics simulation shows the motions of distinct molecules in models of liquids, solids, and gases. The motion of a molecule defines how its positions, velocities, and orientations change with time. In this study, an attempt has been made to study the solvent effect on the dynamics of Major Prion protein. By keeping the focus mainly on united motions of the molecule, molecular dynamics simulations of Major Prion protein in vacuum and water are performed up to 100 ps. The results obtained from these two simulations are compared to study the solvent effect on the dynamics of Major Prion protein. Energy minimization and molecular dynamics simulation have been done through GROMACS using OPLS-AA force field.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
1秒前
害羞书易完成签到,获得积分20
1秒前
思源应助牧觅云采纳,获得10
1秒前
烟花应助qq采纳,获得10
4秒前
monoklatt发布了新的文献求助10
4秒前
5秒前
5秒前
研友_84mlkL发布了新的文献求助10
5秒前
7秒前
文献达人发布了新的文献求助10
8秒前
小蘑菇应助吃吃采纳,获得10
9秒前
9秒前
彭于晏应助zs采纳,获得10
10秒前
桥豆麻袋发布了新的文献求助10
10秒前
11秒前
12秒前
赵嘉钰完成签到,获得积分10
14秒前
SYLH应助研友_LNVX1L采纳,获得10
15秒前
复杂的兔子完成签到,获得积分10
15秒前
论文顺利完成签到,获得积分10
15秒前
lii应助上官靖采纳,获得10
16秒前
qq发布了新的文献求助10
17秒前
还好还好发布了新的文献求助10
17秒前
17秒前
18秒前
改论文不看剧完成签到,获得积分10
18秒前
搜集达人应助1234采纳,获得10
18秒前
zs完成签到,获得积分10
20秒前
都好都好好的完成签到,获得积分10
21秒前
22秒前
处处铃铛响完成签到,获得积分10
22秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
22秒前
俗丨发布了新的文献求助10
22秒前
论文顺利发布了新的文献求助10
23秒前
zs发布了新的文献求助10
23秒前
李健应助科研通管家采纳,获得30
23秒前
QUA应助科研通管家采纳,获得10
23秒前
沐青应助科研通管家采纳,获得60
23秒前
小蘑菇应助科研通管家采纳,获得10
23秒前
乐观小之应助科研通管家采纳,获得10
24秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Cognitive Neuroscience: The Biology of the Mind 1000
Technical Brochure TB 814: LPIT applications in HV gas insulated switchgear 1000
Toward a Combinatorial Approach for the Prediction of IgG Half-Life and Clearance 500
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3969940
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3514642
关于积分的说明 11175298
捐赠科研通 3249947
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1795178
邀请新用户注册赠送积分活动 875617
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 804891