Genome-Wide Identification and Analysis of Heat Shock Protein 70 Family in Theobroma cacao

茶碱 鉴定(生物学) 基因组 生物 热休克蛋白 休克(循环) 遗传学 计算生物学 医学 植物 基因 内科学
作者
Viet Hong La
出处
期刊:Pakistan Journal of Biological Sciences [Science Alert]
卷期号:25 (7): 608-618
标识
DOI:10.3923/pjbs.2022.608.618
摘要

<b>Background and Objective:</b> In plants, the 70 kDa heat shock proteins (Hsp70-s) play important roles during growth and development and in response to stresses. This study aimed to provide comprehensive information on the <i>Hsp70 </i>family in cocoa (<i>Theobroma cacao</i>), one of the most important tropical perennial cash crops worldwide. <b>Materials and Methods:</b> A basic local alignment search tool (TBLASTN) against the cocoa genome was performed using <i>Arabidopsis</i> Hsp70-s as queries to detect TcHsp70-s. Sequence analyses were carried out by various bioinformatics tools. <b>Results:</b> A total of 18 members of the <i>Hsp70</i> family has been detected and characterized in the cocoa genome. All general properties, such as physic-chemical parameters, gene structure, phylogenetic tree and sub-cellular localization, were determined using a variety of bioinformatics tools. The expression patterns of the <i>TcHsp70</i> genes in different stages of the zygotic and somatic embryos were investigated. In addition, expression profiles of the <i>TcHsp70</i> genes under <i>Phytophthora megakarya</i> inoculation were analyzed. <b>Conclusion:</b> The results of this study revealed the features and expression analyses of <i>Hsp70</i> genes in cocoa. These findings could provide a strong foundation for further research of the <i>TcHsp70</i> family, which could aid in the development and stress tolerance of cocoa species.
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