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Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs

DNA微阵列 塔克曼 基因表达 多路复用 基因 生物 分子生物学 微阵列 实时聚合酶链反应 计算生物学 遗传学
作者
Gary Geiss,Roger E. Bumgarner,Brian Birditt,Timothy Dahl,Naeem Dowidar,Dwayne Dunaway,Honoré Fell,Sean Ferree,Renee D. George,Tammy Grogan,Jeffrey J James,Malini Maysuria,Jeffrey D Mitton,Paola Oliveri,Jennifer L. Osborn,Tao Peng,Amber Ratcliffe,Philippa Webster,Eric H. Davidson,Leroy Hood,Krassen Dimitrov
出处
期刊:Nature Biotechnology [Springer Nature]
卷期号:26 (3): 317-325 被引量:1811
标识
DOI:10.1038/nbt1385
摘要

We describe a technology, the NanoString nCounter gene expression system, which captures and counts individual mRNA transcripts. Advantages over existing platforms include direct measurement of mRNA expression levels without enzymatic reactions or bias, sensitivity coupled with high multiplex capability, and digital readout. Experiments performed on 509 human genes yielded a replicate correlation coefficient of 0.999, a detection limit between 0.1 fM and 0.5 fM, and a linear dynamic range of over 500-fold. Comparison of the NanoString nCounter gene expression system with microarrays and TaqMan PCR demonstrated that the nCounter system is more sensitive than microarrays and similar in sensitivity to real-time PCR. Finally, a comparison of transcript levels for 21 genes across seven samples measured by the nCounter system and SYBR Green real-time PCR demonstrated similar patterns of gene expression at all transcript levels.

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