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Comprehensive analysis of circRNA-miRNA-mRNA networks in the kidney of snakehead (Channa argus) response to Nocardia seriolae challenge

生物 蛇头 小RNA 竞争性内源性RNA 信使核糖核酸 计算生物学 非编码RNA 基因 遗传学 核糖核酸 分子生物学 长非编码RNA 渔业
作者
Xiaoyan Zhang,Yanliang Jiang,Haohui Yu,Ningning Wang,Xiantong Liu,Min Cao,Chao Li
出处
期刊:Developmental and Comparative Immunology [Elsevier BV]
卷期号:151: 105099-105099
标识
DOI:10.1016/j.dci.2023.105099
摘要

Non-coding RNAs (ncRNAs) play vital roles in regulating the expression levels of genes that control essential biological functions, including immune response to bacterial infections in teleost. To dissect the roles of ncRNAs in the Channa argus (snakehead), a systematic analysis of the expression profiles of circRNA, miRNA and mRNA, as well as competing endogenous RNAs (ceRNA) regulatory networks in the kidney of snakehead following Nocardia seriolae infection were performed in the present study. A total of 111 differentially expressed circRNAs, 706 differentially expressed miRNAs, and 2548 differentially expressed mRNAs were identified in the N. seriolae infected snakehead. Based on these differently expressed RNAs, we identified 55 circRNA-mRNA pairs, 124 miRNA-mRNA pairs, and 35 circRNA-miRNA-mRNA regulatory networks, including dre-miR-103-CD302, dre-miR-27e-IGSF3, novel_circ_0005462/novel_403-IGKC, novel_circ_0001750/novel_circ_0002162-novel_477-OCLN, and novel_circ_0003847-novel_4-KCNAB3. In addition, luciferase reporter assay was employed to detect the target relationships of several circRNA-miRNA-mRNA pairs. Taken together, this study demonstrates that the genes associated with immunity and structures in the kidney of snakehead can be regulated by circRNAs and miRNAs at post-transcription levels, and provided theoretical guidance for ncRNAs studies for other teleost. However, further studies are still in great need to validate the regulatory mechanisms of ncRNAs in snakehead.
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