Les complexes BAF sont des complexes multiprotéiques régulant l'expression des gènes dont les sous-unités les plus connues en cancérologie sont SMARCB1, SMARCA4, ARID1A/1B et PBRM1.Ils ont un rôle suppresseur de tumeurs et sont fréquemment inactivés dans les cancers, en particulier dans les sarcomes et tumeurs du système nerveux central.Leur inactivation récurrente indique leur rôle initiateur dans la tumorigénèse de certaines tumeurs comme SMARCB1 dans les tumeurs malignes rhabdoïdes ou SMARCA4 dans les carcinomes à petites cellules de l'ovaire avec hypercalcémie.Ces tumeurs sont morphologiquement similaires, constituées de nappes de cellules tumorales pourvues de noyaux vésiculeux monomorphes et fortement nucléolés.Leurs profils génétiques sont diploïdes dépourvus d'altérations de nombre de copies des gènes.D'autres tumeurs, distinctes des tumeurs rhabdoides, ont une signature mésenchymateuse mais sont génétiquement plus complexes comme les sarcomes épithélioïdes, les sarcomes thoraciques SMARCA4-déficients.L'inactivation des complexes BAF survient par mutation, délétion ou plus rarement par translocation, comme dans les carcinomes médullaires du rein et les synovialosarcomes.Certaines tumeurs sont associées à des altérations fréquentes -mais non constantes-des complexes définissant des variants ou sous-types tumoraux comme les tumeurs malignes des gaines des nerfs périphériques épithélioides et les chordomes peu différenciés.Enfin, certaines tumeurs sont associées à de faibles fréquences mutationnelles reflétant leur acquisition tardive dans la tumorigénèse avec l'exemple des carcinomes dédifférenciés, en particulier colo-rectaux, pulmonaires et utérins, corrélant avec des contingents d'architecture solide et une cytologie rhabdoide.Les altérations des complexes BAF corrèlent avec des aspects morphologiques reconnaissables par le pathologiste, ouvrant des perspectives diagnostiques et potentiellement thérapeutiques.