Discover QTLs for the level of blood components in Shaoxing duck using GWAS and haplotype sharing analysis

生物 单倍型 连锁不平衡 全基因组关联研究 遗传学 候选基因 单核苷酸多态性 数量性状位点 遗传关联 SNP公司 基因 等位基因 基因型
作者
Wenwu Xu,Zhenzhen Wang,Tao Zeng,Kui Li,Lizhi Lu
出处
期刊:Animal Biotechnology [Taylor & Francis]
卷期号:35 (1)
标识
DOI:10.1080/10495398.2024.2390940
摘要

Blood composition is indicative of health-related traits such as immunity and metabolism. The use of molecular genetics to investigate alterations in these attributes in laying ducks is a novel approach. Our objective was to employ genome − wide association studies (GWAS) and haplotype − sharing analysis to identify genomic regions and potential genes associated with 11 blood components in Shaoxing ducks. Our findings revealed 35 SNPs and 1 SNP associated with low-density lipoprotein cholesterol (LDL) and globulin (GLB), respectively. We identified 36 putative candidate genes for the LDL trait in close proximity to major QTLs and key loci. Based on their biochemical and physiological properties, TRA2A, NPY, ARHGEF26, DHX36, and AADAC are the strongest putative candidate genes. Through linkage disequilibrium analysis and haplotype sharing analysis, we identified three haplotypes and one haplotype, respectively, that were significantly linked with LDL and GLB. These haplotypes could be selected as potential candidate haplotypes for molecular breeding of Shaoxing ducks. Additionally, we utilized a bootstrap test to verify the reliability of GWAS with small experimental samples. The test can be accessed at https://github.com/xuwenwu24/Bootstrap-test.
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