Molecular Epidemiology of Novirhabdoviruses Emerging in Iranian Trout Farms

传染性造血坏死病毒 生物 病毒学 克莱德 爆发 病毒 虹鳟 分子流行病学 系统发育树 弹状病毒科 基因 基因型 遗传学 渔业 狂犬病病毒
作者
Sohrab Ahmadivand,Dušan Palić,Manfred Weidmann
出处
期刊:Viruses [MDPI AG]
卷期号:13 (3): 448-448 被引量:5
标识
DOI:10.3390/v13030448
摘要

Novirhabdoviruses cause large epizootics and economic losses of farmed trout. In this study, we surveyed Viral hemorrhagic septicemia virus and Infectious hematopoietic and necrosis virus (VHSV and IHNV) through both monitoring and investigation of clinical outbreaks reported by farmers in the regions with major rainbow trout production in Iran from 2015 to 2019. RT-PCR assays of the kidney samples and cell culture (EPC/FHM cells) samples confirmed the presence of the viruses, with 9 VHSV and 4 IHNV isolates, in both endemic and new areas of Iran. Sequence analysis of the G gene revealed that VHSV isolates belonged to genogroup Ia, and IHNV isolates were clustered into genogroup E, both typical for isolates from European countries. A haplotype analysis based on non-homologous amino acids of the G gene supports the emergence of two lineages of IHNV from clade 1 (E-1), as well as VHSV clade 2 (Ia-2) of the European genogroups, confirming that VHSV and IHNV isolates in Iran, have originated from Europe possibly via imported eggs.
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