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High-Resolution RNA Sequencing from PFA-Fixed Microscopy Sections

核糖核酸 计算生物学 协议(科学) 转录组 多聚甲醛 降级(电信) 生物 计算机科学 化学 基因 遗传学 基因表达 医学 病理 有机化学 替代医学 电信
作者
Hao Ji,Simon Besson‐Girard,Peter Androvic,Buket Bulut,Lu Liu,Yijing Wang,Özgün Gökçe
出处
期刊:Methods in molecular biology 卷期号:: 205-212 被引量:1
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-2926-0_16
摘要

Obtaining high-quality RNA sequencing results from archived biological tissues, such as paraformaldehyde (PFA)-fixed sections for microscopy, is challenging due to the incompatibility of current high-throughput RNA sequencing methods. Here, we present a low-input method for RNA sequencing from archived PFA-fixed sections. Using this method, we routinely obtain high-quality sequencing results from archived mouse brain sections that are prepared for imaging without any special care for avoiding RNA degradation. The PFA cross-linking locks and protects RNA from degradation but cross-linking is also hard to reverse. For this goal, we developed an effective decrosslinking protocol based on Proteinase K activity to retrieve PFA-cross-linked mRNAs which was followed up by a Smart-seq2 library preparation protocol. Our protocol enables spatially defined transcriptomic analysis of archived sections and allows the genomic analysis of PFA-fixed samples. Furthermore, our protocol inactivates pathogenic samples and allows working under regular biosafety levels.

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