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Porcine respiratory coronavirus differs from transmissible gastroenteritis virus by a few genomic deletions

开放式参考框架 生物 病毒学 基因组 基因组组织 冠状病毒 牛冠状病毒 基因 同源(生物学) 打开阅读框 遗传学 互补DNA 核酸序列 动脉瘤 肽序列 2019年冠状病毒病(COVID-19) 病理 传染病(医学专业) 医学 疾病
作者
Denis Rasschaert,Mariela Duarte,Hubert Laude
出处
期刊:Journal of General Virology [Microbiology Society]
卷期号:71 (11): 2599-2607 被引量:168
标识
DOI:10.1099/0022-1317-71-11-2599
摘要

The genome organization of porcine respiratory coronavirus (PRCV), a newly recognized agent which has a close antigenic relationship to the enteropathogenic transmissible gastroenteritis virus (TGEV), was studied. Genomic RNA from cell-cultured PRCV (French isolate RM4) was used to produce cDNA clones covering the genomic 3′ end to the start of the spike (S) glycoprotein gene (7519 nucleotides). Six open reading frames (ORFs) were identified that allowed the translation of three coronavirus structural proteins and three putative non-structural (NS) polypeptides, homologous to TGEV ORFs designated NS3-1, NS4 and NS7. Pairwise alignment of PRCV nucleotide and amino acid sequences with sequence data available for three TGEV strains revealed a 96% overall homology. However, the genome of PRCV exhibited two important distinctive features. The first was that the S gene lacked 672 nucleotides in the 5′ region and encoded a truncated form of the S polypeptide, and secondly, the first NS ORF downstream of the S gene was predicted to be non-functional as a consequence of a double deletion. The significance of genomic deletions with respect to tissue tropism and evolution of coronaviruses is discussed.
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