The discovery of potent immunostimulatory CpG-ODNs widely distributed in bacterial genomes

生物 微生物学 计算生物学 CpG站点 免疫系统 基因组
作者
Juan Liu,Wei Yan,Yue Lu,Yangyuling Li,Qian Chen,Yan Li
出处
期刊:Journal of Microbiology [Springer Science+Business Media]
卷期号:58 (2): 153-162 被引量:2
标识
DOI:10.1007/s12275-020-9289-y
摘要

Oligodeoxynucleotides containing unmethylated CpG dinucleotides (CpG-ODN) can be specifically recognized by Toll-like receptor 9 (TLR9), provoking innate immune responses. Designed according to this structural feature, many synthetic phosphorothioate CpG-ODNs successfully activate macrophages. However, it is difficult to find potent stimulatory CpG-DNA fragments in microbial genomes. Therefore, whether microbial CpG-DNA substantially contributes to infectious and immune diseases remains controversial. In this study, high-throughput scanning was carried out for thousands of bacterial genomes with bioinformatics tools to comprehensively evaluate the distribution of CpG-DNA fragments. A random sampling test was then performed to verify their immunostimulatory properties by experiments in vitro and in vivo. Natural TLR9-dependent and potent stimulatory CpG-DNA fragments were found in microbial genomes. Interestingly, highly conserved stimulatory CpG-DNA fragments were found in 16S and 23S rDNA sequences with multiple copies, while others were species-specific. Additionally, we found that the reported active motifs were mostly non-stimulatory in natural CpG fragments. This evidence indicates that the previous structural descriptions of functional CpG-ODNs are incomplete. Our study has assessed the distribution of microbial CpG-DNA fragments, and identified natural stimulatory CpG-DNA fragments. These findings provide a deeper understanding of CpG-ODN structures and new evidence for microbial DNA inflammatory function and pathogenicity.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
无辜的猎豹完成签到 ,获得积分10
1秒前
1秒前
SYLH应助王士钰采纳,获得20
4秒前
跳脚的虾完成签到 ,获得积分10
7秒前
JSEILWQ完成签到 ,获得积分10
11秒前
innocent完成签到,获得积分10
14秒前
彩色靖儿完成签到 ,获得积分10
19秒前
岚12完成签到 ,获得积分10
21秒前
JUAN完成签到,获得积分10
25秒前
陶醉的翠霜完成签到 ,获得积分10
26秒前
Novice6354完成签到 ,获得积分10
28秒前
心灵美绝施完成签到 ,获得积分10
32秒前
大雪完成签到 ,获得积分10
38秒前
呆橘完成签到 ,获得积分10
39秒前
22222应助yhm7426采纳,获得50
39秒前
40秒前
life的半边天完成签到 ,获得积分10
46秒前
灵巧的十八完成签到 ,获得积分10
47秒前
空曲完成签到 ,获得积分10
52秒前
小文子完成签到 ,获得积分10
53秒前
可可可爱完成签到 ,获得积分10
54秒前
鹏826完成签到 ,获得积分0
56秒前
zjq完成签到 ,获得积分10
56秒前
李爱国应助故意的鼠标采纳,获得10
57秒前
牧绯完成签到,获得积分10
1分钟前
1分钟前
Superman完成签到 ,获得积分10
1分钟前
乘风破浪完成签到 ,获得积分10
1分钟前
贝贝完成签到 ,获得积分10
1分钟前
Arctic完成签到,获得积分10
1分钟前
调皮蛋完成签到,获得积分10
1分钟前
reset完成签到 ,获得积分10
1分钟前
suodeheng完成签到,获得积分20
1分钟前
SY15732023811完成签到 ,获得积分10
1分钟前
www完成签到 ,获得积分10
1分钟前
leo完成签到 ,获得积分10
1分钟前
天天快乐应助帅气的宛凝采纳,获得10
1分钟前
RandyChen完成签到,获得积分10
1分钟前
kehe!完成签到 ,获得积分0
1分钟前
Nemo完成签到 ,获得积分10
1分钟前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Cognitive Neuroscience: The Biology of the Mind 1000
Technical Brochure TB 814: LPIT applications in HV gas insulated switchgear 1000
Immigrant Incorporation in East Asian Democracies 600
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
A Preliminary Study on Correlation Between Independent Components of Facial Thermal Images and Subjective Assessment of Chronic Stress 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3968559
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3513391
关于积分的说明 11167370
捐赠科研通 3248808
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1794465
邀请新用户注册赠送积分活动 875116
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 804664