HTCL-DDI: a hierarchical triple-view contrastive learning framework for drug–drug interaction prediction

计算机科学 稳健性(进化) 药品 人工智能 代表(政治) 药物靶点 机器学习 药物重新定位 化学 心理学 政治学 生物化学 政治 基因 精神科 法学
作者
Ran Zhang,Xuezhi Wang,Pengfei Wang,Zhen Meng,Wenjuan Cui,Yuanchun Zhou
出处
期刊:Briefings in Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:24 (6) 被引量:1
标识
DOI:10.1093/bib/bbad324
摘要

Drug-drug interaction (DDI) prediction can discover potential risks of drug combinations in advance by detecting drug pairs that are likely to interact with each other, sparking an increasing demand for computational methods of DDI prediction. However, existing computational DDI methods mostly rely on the single-view paradigm, failing to handle the complex features and intricate patterns of DDIs due to the limited expressiveness of the single view. To this end, we propose a Hierarchical Triple-view Contrastive Learning framework for Drug-Drug Interaction prediction (HTCL-DDI), leveraging the molecular, structural and semantic views to model the complicated information involved in DDI prediction. To aggregate the intra-molecular compositional and structural information, we present a dual attention-aware network in the molecular view. Based on the molecular view, to further capture inter-molecular information, we utilize the one-hop neighboring information and high-order semantic relations in the structural view and semantic view, respectively. Then, we introduce contrastive learning to enhance drug representation learning from multifaceted aspects and improve the robustness of HTCL-DDI. Finally, we conduct extensive experiments on three real-world datasets. All the experimental results show the significant improvement of HTCL-DDI over the state-of-the-art methods, which also demonstrates that HTCL-DDI opens new avenues for ensuring medication safety and identifying synergistic drug combinations.
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