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Density Functional Complexation Study of Metal Ions with Cysteine

化学 密度泛函理论 金属 水溶液中的金属离子 结晶学 八面体 三角双锥分子几何 配体(生物化学) 溶剂化 硫黄 齿合度 半胱氨酸 八面体分子几何学 离子 无机化学 四面体分子几何学 计算化学 晶体结构 有机化学 受体 生物化学
作者
Henna Pesonen,Reijo Aksela,Kari Laasonen
出处
期刊:Journal of Physical Chemistry A [American Chemical Society]
卷期号:114 (1): 466-473 被引量:34
标识
DOI:10.1021/jp905733d
摘要

Metal complexes of cysteine have been studied using a density functional theory based method together with a continuum solvation model. Complexation geometries for metal complexes of cysteine with Zn(2+), Mg(2+), Ca(2+), Fe(3+), and Mn(2+) have been determined. Different coordination modes have been considered for MCys(2) and MCys(3) complexes. Complexation energies have been determined, and they have been corrected with (empirical) metal- and ligand-specific parameters, the latter of which was determined separately for Cys(N,O,S) and Cys(N,S) ligands. The results indicate that the preferred binding mode for Zn(2+) with cysteine is bidentate (N,S) type binding in tetrahedral or trigonal bipyramidal geometry while Mg(2+) and Ca(2+) prefer sulfur-free binding sites in octahedral geometry. Fe(3+) prefers binding via sulfur and nitrogen atoms, whereas for Mn(2+) several equally stable structures were found. The new correction parameters can be applied for other sulfur-containing ligands to evaluate the binding strength of a new ligand with metal ions. The observed preferences of metal ions in binding are in agreement with the previous knowledge of the behavior of metal ions.
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