亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整地填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Single-Molecule Multikilobase-Scale Profiling of Chromatin Accessibility Using m6A-SMAC-Seq and m6A-CpG-GpC-SMAC-Seq

染色质 计算生物学 生物 DNA测序 纳米孔测序 DNA 遗传学
作者
Georgi K. Marinov,Zohar Shipony,Anshul Kundaje,William J. Greenleaf
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 269-298 被引量:4
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-2140-0_15
摘要

A hallmark feature of active cis-regulatory elements (CREs) in eukaryotes is their nucleosomal depletion and, accordingly, higher accessibility to enzymatic treatment. This property has been the basis of a number of sequencing-based assays for genome-wide identification and tracking the activity of CREs across different biological conditions, such as DNAse-seq, ATAC-seq , NOMeseq, and others. However, the fragmentation of DNA inherent to many of these assays and the limited read length of short-read sequencing platforms have so far not allowed the simultaneous measurement of the chromatin accessibility state of CREs located distally from each other. The combination of labeling accessible DNA with DNA modifications and nanopore sequencing has made it possible to develop such assays. Here, we provide a detailed protocol for carrying out the SMAC-seq assay (Single-Molecule long-read Accessible Chromatin mapping sequencing), in its m6A-SMAC-seq and m6A-CpG-GpC-SMAC-seq variants, together with methods for data processing and analysis, and discuss key experimental and analytical considerations for working with SMAC-seq datasets.

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
温婉的笑晴完成签到,获得积分20
1秒前
3秒前
所所应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
芋头粽子完成签到,获得积分10
6秒前
笑点低的元枫完成签到 ,获得积分10
11秒前
Percy完成签到 ,获得积分10
15秒前
韦老虎发布了新的文献求助30
17秒前
喝可乐的萝卜兔完成签到 ,获得积分10
24秒前
Hung完成签到,获得积分10
25秒前
31秒前
韦老虎完成签到,获得积分20
31秒前
31秒前
Djnsbj发布了新的文献求助10
38秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
45秒前
46秒前
黑大侠完成签到 ,获得积分10
47秒前
英姑应助lf采纳,获得10
47秒前
长街发布了新的文献求助20
47秒前
芋头粽子发布了新的文献求助30
49秒前
53秒前
欧皇发布了新的文献求助30
56秒前
lf发布了新的文献求助10
1分钟前
scanker1981完成签到,获得积分10
1分钟前
桐桐应助bbdd2334采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
欧皇完成签到,获得积分20
1分钟前
冷傲新柔发布了新的文献求助10
1分钟前
1分钟前
1分钟前
HunterKK7发布了新的文献求助10
1分钟前
轻松的惜芹应助yujie采纳,获得200
1分钟前
沙雕续命完成签到,获得积分10
1分钟前
1分钟前
1分钟前
漂亮采波发布了新的文献求助10
1分钟前
开朗满天发布了新的文献求助10
1分钟前
1分钟前
华仔应助明亮猫咪采纳,获得10
2分钟前
搜集达人应助西域小飞侠采纳,获得10
2分钟前
Ava应助科研通管家采纳,获得10
2分钟前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 700
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3976608
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3520720
关于积分的说明 11204567
捐赠科研通 3257359
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1798716
邀请新用户注册赠送积分活动 877897
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 806613