Single-Molecule Multikilobase-Scale Profiling of Chromatin Accessibility Using m6A-SMAC-Seq and m6A-CpG-GpC-SMAC-Seq

染色质 计算生物学 生物 DNA测序 纳米孔测序 DNA 遗传学
作者
Georgi K. Marinov,Zohar Shipony,Anshul Kundaje,William J. Greenleaf
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 269-298 被引量:4
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-2140-0_15
摘要

A hallmark feature of active cis-regulatory elements (CREs) in eukaryotes is their nucleosomal depletion and, accordingly, higher accessibility to enzymatic treatment. This property has been the basis of a number of sequencing-based assays for genome-wide identification and tracking the activity of CREs across different biological conditions, such as DNAse-seq, ATAC-seq , NOMeseq, and others. However, the fragmentation of DNA inherent to many of these assays and the limited read length of short-read sequencing platforms have so far not allowed the simultaneous measurement of the chromatin accessibility state of CREs located distally from each other. The combination of labeling accessible DNA with DNA modifications and nanopore sequencing has made it possible to develop such assays. Here, we provide a detailed protocol for carrying out the SMAC-seq assay (Single-Molecule long-read Accessible Chromatin mapping sequencing), in its m6A-SMAC-seq and m6A-CpG-GpC-SMAC-seq variants, together with methods for data processing and analysis, and discuss key experimental and analytical considerations for working with SMAC-seq datasets.

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