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Explore the Chemical Space of Linear Alkanes Pyrolysis via Deep Potential Generator

可转让性 化学空间 计算机科学 从头算 分子动力学 冗余(工程) 势能面 化学 计算化学 生物系统 算法 机器学习 生物化学 有机化学 罗伊特 生物 药物发现 操作系统
作者
Jinzhe Zeng,Linfeng Zhang,Han Wang,Tong Zhu
标识
DOI:10.26434/chemrxiv.12935261
摘要

<div> <div> <div> <p>Reactive molecular dynamics (MD) simulation is a powerful tool to study the reaction mechanism of complex chemical systems. Central to the method is the potential energy surface (PES) that can describe the breaking and formation of chemical bonds. The development of PES of both accurate and efficent has attracted significant effort in the past two decades. Recently developed Deep Potential (DP) model has the promise to bring ab initio accuracy to large-scale reactive MD simulations. However, for complex chemical reaction processes like pyrolysis, it remains challenging to generate reliable DP models with an optimal training dataset. In this work, a dataset construction scheme for such a purpose was established. The employment of a concurrent learning algorithm allows us to maximize the exploration of the chemical space while minimize the redundancy of the dataset. This greatly reduces the cost of computational resources required by ab initio calculations. Based on this method, we constructed a dataset for the pyrolysis of n-dodecane, which contains 35,496 structures. The reactive MD simulation with the DP model trained based on this dataset revealed the pyrolysis mechanism of n-dodecane in detail, and the simulation results are in good agreement with the experimental measurements. In addition, this dataset shows excellent transferability to different long-chain alkanes. These results demonstrate the advantages of the proposed method for constructing training datasets for similar systems. </p> </div> </div> </div>
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