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Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state

增强子 表观遗传学 生物 染色质 组蛋白 重编程 增强子rna 表观遗传学 基因表达调控 遗传学 细胞生物学 转录因子 基因表达 基因 DNA甲基化
作者
Menno P. Creyghton,Albert W. Cheng,G. Grant Welstead,Tristan Kooistra,Bryce W. Carey,Eveline J. Steine,Jacob H. Hanna,Michael A. Lodato,Garrett M. Frampton,Phillip A. Sharp,Laurie A. Boyer,Richard A. Young,Rudolf Jaenisch
出处
期刊:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [Proceedings of the National Academy of Sciences]
卷期号:107 (50): 21931-21936 被引量:3846
标识
DOI:10.1073/pnas.1016071107
摘要

Developmental programs are controlled by transcription factors and chromatin regulators, which maintain specific gene expression programs through epigenetic modification of the genome. These regulatory events at enhancers contribute to the specific gene expression programs that determine cell state and the potential for differentiation into new cell types. Although enhancer elements are known to be associated with certain histone modifications and transcription factors, the relationship of these modifications to gene expression and developmental state has not been clearly defined. Here we interrogate the epigenetic landscape of enhancer elements in embryonic stem cells and several adult tissues in the mouse. We find that histone H3K27ac distinguishes active enhancers from inactive/poised enhancer elements containing H3K4me1 alone. This indicates that the amount of actively used enhancers is lower than previously anticipated. Furthermore, poised enhancer networks provide clues to unrealized developmental programs. Finally, we show that enhancers are reset during nuclear reprogramming.
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