Signatures of 4 autophagy-related genes as diagnostic markers of MDD and their correlation with immune infiltration

免疫系统 重性抑郁障碍 基因 生物 计算生物学 基因签名 相关性 遗传学 免疫学 生物信息学 基因表达 神经科学 几何学 数学 认知
作者
He Shen,Zhifang Deng,Zhao Li,Wenqi Gao,Duan Zeng,Yue Shi,Nan Zhao,Feikang Xu,Li Tian,Huafang Li,Daihui Peng
出处
期刊:Journal of Affective Disorders [Elsevier BV]
卷期号:295: 11-20 被引量:28
标识
DOI:10.1016/j.jad.2021.08.005
摘要

Major depressive disorder (MDD) is a debilitating mental illness and one of the primary causes of suicide. This study attempted to develop and validate a multigene joint signature for diagnosing MDD based on autophagy-related genes (ARGs) and to explore their biological role in MDD.We downloaded data from the Gene Expression Omnibus (GEO) database and retrieved ARGs from the Human Autophagy Database. The limma package in R software was used to identify differentially expressed genes (DEGs). We used CIBERSORT to analyze differences in the immune microenvironment between MDD patients and controls. Finally, we examined the correlation between diagnostic markers and infiltrating immune cells to better understand the molecular immune mechanism.In this study, we identified 20 differentially expressed ARGs in MDD compared to controls. A signature of 4 autophagy-related genes (GPR18, PDK4, NRG1 and EPHB2) was obtained. ROC analysis showed that our model has good diagnostic performance (AUC=0.779, 95% CI=0.709-0.848). Bioinformatics analysis validated that GPR18 may represent a new candidate gene for MDD. Correlation analysis revealed that GPR18 was positively correlated with regulatory T cells (Treg), CD8+ T cells, naive B cells, and memory B cells and negatively correlated with M0 macrophages and neutrophils in MDD.This was a second mining of previously published data sets. Independent studies are warranted to validate and improve the clinical utility of the identified signature.We identified a novel four-ARG gene signature that has good diagnostic performance and identified an association between ARG genes and the immune microenvironment in MDD.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
慕青应助xiaowan采纳,获得10
2秒前
魏凡之完成签到 ,获得积分10
3秒前
6秒前
7秒前
fuguier发布了新的文献求助10
8秒前
10秒前
zsk1122完成签到,获得积分10
12秒前
荔枝发布了新的文献求助10
12秒前
lyy完成签到 ,获得积分10
13秒前
16秒前
myuniv完成签到,获得积分10
16秒前
专注鸵鸟完成签到,获得积分10
16秒前
专注之双完成签到,获得积分10
17秒前
Zircon完成签到 ,获得积分10
18秒前
Much完成签到 ,获得积分10
19秒前
19秒前
充电宝应助颠覆乾坤采纳,获得10
20秒前
21秒前
无花果应助pz采纳,获得10
21秒前
zheng完成签到 ,获得积分10
23秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
24秒前
星辰大海应助荔枝采纳,获得10
24秒前
LJL发布了新的文献求助10
25秒前
meng发布了新的文献求助10
25秒前
无私的颤完成签到,获得积分10
25秒前
lucky完成签到 ,获得积分10
26秒前
Zel博博完成签到,获得积分10
26秒前
谷粱诗云完成签到,获得积分10
26秒前
yar应助myuniv采纳,获得10
26秒前
xc完成签到 ,获得积分10
27秒前
27秒前
干净的天与完成签到,获得积分10
27秒前
哈基米德应助毅诚菌采纳,获得10
29秒前
铁甲小杨完成签到,获得积分0
29秒前
30秒前
卡机了完成签到,获得积分10
31秒前
平淡绿柏完成签到,获得积分10
33秒前
架子猫发布了新的文献求助10
33秒前
33秒前
颠覆乾坤发布了新的文献求助10
34秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038235
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575992
关于积分的说明 11374009
捐赠科研通 3305760
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819276
邀请新用户注册赠送积分活动 892662
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022