betapart: an R package for the study of beta diversity

嵌套 β多样性 雅卡索引 成对比较 生物多样性 R包 生态学 多样性(政治) 多元统计 系统发育中的距离矩阵 统计 生物 数学 生物信息学 聚类分析 社会学 人类学
作者
Andrés Baselga,C. David L. Orme
出处
期刊:Methods in Ecology and Evolution [Wiley]
卷期号:3 (5): 808-812 被引量:1618
标识
DOI:10.1111/j.2041-210x.2012.00224.x
摘要

Summary 1. Beta diversity, that is, the variation in species composition among sites, can be the result of species replacement between sites (turnover) and species loss from site to site (nestedness). 2. We present betapart , an R package for computing total dissimilarity as Sørensen or Jaccard indices, as well as their respective turnover and nestedness components. 3. betapart allows the assessment of spatial patterns of beta diversity using multiple‐site dissimilarity measures accounting for compositional heterogeneity across several sites or pairwise measures providing distance matrices accounting for the multivariate structure of dissimilarity. 4. betapart also allows computing patterns of temporal difference in assemblage composition, and its turnover and nestedness components. 5. Several example analyses are shown, using the data included in the package, to illustrate the relevance of separating the turnover and nestedness components of beta diversity to infer different mechanisms behind biodiversity patterns.
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