Improved Force Field Parameters Lead to a Better Description of RNA Structure

力场(虚构) 复制品 分子动力学 计算机科学 领域(数学) 采样(信号处理) 统计物理学 生物系统 化学物理 化学 计算化学 物理 数学 人工智能 生物 视觉艺术 艺术 滤波器(信号处理) 纯数学 计算机视觉
作者
Christina Bergonzo,Thomas E. Cheatham
出处
期刊:Journal of Chemical Theory and Computation [American Chemical Society]
卷期号:11 (9): 3969-3972 被引量:144
标识
DOI:10.1021/acs.jctc.5b00444
摘要

We compare the performance of two different RNA force fields in four water models in simulating the conformational ensembles r(GACC) and r(CCCC). With the increased sampling facilitated by multidimensional replica exchange molecular dynamics (M-REMD), populations are compared to NMR data to evaluate force field reliability. The combination of AMBER ff12 with vdWbb modifications and the OPC water model produces results in quantitative agreement with the NMR ensemble that have eluded us to date.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
颖宝老公完成签到,获得积分0
刚刚
清爽夜雪完成签到,获得积分0
1秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
1秒前
大翟完成签到,获得积分10
3秒前
不远完成签到,获得积分10
4秒前
冯珂完成签到 ,获得积分10
6秒前
Graham完成签到,获得积分10
6秒前
稳重乌冬面完成签到 ,获得积分10
8秒前
一苇以航完成签到 ,获得积分10
9秒前
戚雅柔完成签到 ,获得积分10
9秒前
vsvsgo完成签到,获得积分10
10秒前
米奇完成签到 ,获得积分10
10秒前
加一点荒谬完成签到,获得积分10
10秒前
10秒前
一一一给轻松白桃的求助进行了留言
12秒前
zz2905完成签到,获得积分10
12秒前
小超人完成签到 ,获得积分10
13秒前
香蕉初瑶完成签到,获得积分10
13秒前
meimei完成签到 ,获得积分10
13秒前
儒雅的菠萝吹雪完成签到,获得积分10
14秒前
14秒前
15秒前
水寒完成签到,获得积分10
15秒前
拉长的念珍完成签到,获得积分10
16秒前
大气夜山完成签到 ,获得积分10
16秒前
Tristan完成签到 ,获得积分10
18秒前
我思故我在完成签到,获得积分10
18秒前
19秒前
何浏亮完成签到,获得积分10
20秒前
阿成完成签到,获得积分10
20秒前
Pauline完成签到 ,获得积分10
20秒前
21秒前
微笑的语芙完成签到,获得积分10
21秒前
21秒前
小背包完成签到 ,获得积分10
21秒前
水寒发布了新的文献求助10
23秒前
希望天下0贩的0应助17采纳,获得10
23秒前
yu完成签到 ,获得积分10
23秒前
钟瑞乾完成签到,获得积分10
23秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038235
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575992
关于积分的说明 11374009
捐赠科研通 3305760
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819276
邀请新用户注册赠送积分活动 892662
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022