亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整的填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Implementation of the QUBE Force Field in SOMD for High-Throughput Alchemical Free-Energy Calculations

力场(虚构) 计算机科学 计算科学 分子动力学 背景(考古学) 定制 图形处理单元 吞吐量 领域(数学) 蒙特卡罗方法 统计物理学 计算化学 物理 并行计算 化学 人工智能 古生物学 电信 统计 数学 政治学 纯数学 法学 无线 生物
作者
Lauren Nelson,Sofia Bariami,Chris Ringrose,Joshua T. Horton,Vadiraj Kurdekar,Antonia S. J. S. Mey,Julien Michel,D. J. A. Cole
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:61 (5): 2124-2130 被引量:6
标识
DOI:10.1021/acs.jcim.1c00328
摘要

The quantum mechanical bespoke (QUBE) force-field approach has been developed to facilitate the automated derivation of potential energy function parameters for modeling protein-ligand binding. To date, the approach has been validated in the context of Monte Carlo simulations of protein-ligand complexes. We describe here the implementation of the QUBE force field in the alchemical free-energy calculation molecular dynamics simulation package SOMD. The implementation is validated by demonstrating the reproducibility of absolute hydration free energies computed with the QUBE force field across the SOMD and GROMACS software packages. We further demonstrate, by way of a case study involving two series of non-nucleoside inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase, that the availability of QUBE in a modern simulation package that makes efficient use of graphics processing unit acceleration will facilitate high-throughput alchemical free-energy calculations.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
timick完成签到,获得积分10
1秒前
贤惠的松应助天一采纳,获得20
3秒前
jin完成签到 ,获得积分20
10秒前
yf完成签到 ,获得积分10
10秒前
想不出来完成签到 ,获得积分10
27秒前
情怀应助科研通管家采纳,获得10
29秒前
ccc完成签到,获得积分20
30秒前
加菲丰丰应助天一采纳,获得20
36秒前
zho关闭了zho文献求助
56秒前
58秒前
cbt512133发布了新的文献求助50
1分钟前
机灵的衬衫完成签到 ,获得积分10
1分钟前
zho关闭了zho文献求助
1分钟前
大圣完成签到 ,获得积分10
1分钟前
杳鸢应助jojo000采纳,获得20
1分钟前
zho关闭了zho文献求助
1分钟前
zho关闭了zho文献求助
1分钟前
旋律应助西域卧虎采纳,获得10
1分钟前
微笑的铸海完成签到 ,获得积分10
1分钟前
zho关闭了zho文献求助
1分钟前
王力完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
zho关闭了zho文献求助
1分钟前
1分钟前
black发布了新的文献求助10
1分钟前
文献文献完成签到 ,获得积分10
2分钟前
斯文败类应助111采纳,获得10
2分钟前
听闻墨笙完成签到 ,获得积分10
2分钟前
black完成签到,获得积分10
2分钟前
2分钟前
baiyixuan发布了新的文献求助20
2分钟前
2分钟前
111发布了新的文献求助10
2分钟前
丁老三完成签到 ,获得积分10
2分钟前
2分钟前
zho关闭了zho文献求助
2分钟前
baiyixuan发布了新的文献求助10
2分钟前
JamesPei应助1004采纳,获得10
2分钟前
彭于晏应助annis采纳,获得10
2分钟前
缓慢的芸遥完成签到 ,获得积分10
2分钟前
高分求助中
Licensing Deals in Pharmaceuticals 2019-2024 3000
Effect of reactor temperature on FCC yield 2000
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 1020
PraxisRatgeber: Mantiden: Faszinierende Lauerjäger 800
Impiego dell'associazione acetazolamide/pentossifillina nel trattamento dell'ipoacusia improvvisa idiopatica in pazienti affetti da glaucoma cronico 730
錢鍾書楊絳親友書札 600
A new species of Coccus (Homoptera: Coccoidea) from Malawi 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3294412
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2930341
关于积分的说明 8445942
捐赠科研通 2602598
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1420666
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 660559
邀请新用户注册赠送积分活动 643433