Analyzing super-enhancer temporal dynamics reveals potential critical enhancers and their gene regulatory networks underlying skeletal muscle development

增强子 生物 基因表达调控 表观遗传学 DNA甲基化 基因 肌发生 遗传学 骨骼肌 调节顺序 表观遗传学 基因表达 染色体构象捕获 组蛋白 计算生物学 解剖
作者
Song Zhang,Chao Wang,Shenghua Qin,Choulin Chen,Yongzhou Bao,Yuanyuan Zhang,Lingna Xu,Qingyou Liu,Yunxiang Zhao,Kui Li,Zhonglin Tang,Yuwen Liu
出处
期刊:Genome Research [Cold Spring Harbor Laboratory Press]
被引量:2
标识
DOI:10.1101/gr.278344.123
摘要

Super-enhancers (SEs) govern the expression of genes defining cell identity. However, the dynamic landscape of SEs and their critical constituent enhancers involved in skeletal muscle development remains unclear. In this study, using pig as a model, we employed cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag) to profile the enhancer-associated histone modification marker H3K27ac in skeletal muscle across two prenatal and three postnatal stages, and investigated how SEs influence skeletal muscle development. We identify three SE families with distinct temporal dynamics: continuous (Con, 397), transient (TS, 434), and de novo (DN, 756). These SE families are associated with different temporal gene expression trajectories, biological functions, and DNA methylation levels. Notably, several lines of evidence suggest a potential prominent role of Con SEs in regulating porcine muscle development and meat traits. To pinpoint key
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