Transfer learning reveals cancer-associated fibroblasts are associated with epithelial-mesenchymal transition and inflammation in cancer cells in pancreatic ductal adenocarcinoma

上皮-间质转换 胰腺癌 癌症 类有机物 癌相关成纤维细胞 癌症研究 生物 医学 癌细胞 细胞 肿瘤微环境 间充质干细胞 病理 细胞生物学 转移 肿瘤细胞 遗传学
作者
Samantha Guinn,Benedict Kinny‐Köster,Joseph A. Tandurella,Jacob T. Mitchell,Dimitrios N. Sidiropoulos,Melanie Loth,Melissa R. Lyman,Alexandra B. Pucsek,Daniel J. Zabransky,Jae W. Lee,Emma Kartalia,Mili Ramani,Toni T. Seppälä,Christopher Cherry,Reecha Suri,Haley Zlomke,Jignasha Patel,Jin He,Christopher L. Wolfgang,Jun Yu,Lei Zheng,David P. Ryan,David T. Ting,Alec C. Kimmelman,Anuj Gupta,Ludmila Danilova,Jennifer H. Elisseeff,Laura D. Wood,Genevieve Stein-O’Brien,Luciane T. Kagohara,Elizabeth M. Jaffee,Richard A. Burkhart,Elana J. Fertig,Jacquelyn W. Zimmerman
出处
期刊:Cancer Research [American Association for Cancer Research]
卷期号:84 (9): 1517-1533 被引量:2
标识
DOI:10.1158/0008-5472.can-23-1660
摘要

Abstract Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is an aggressive malignancy characterized by an immunosuppressive tumor microenvironment enriched with cancer-associated fibroblasts (CAF). This study used a convergence approach to identify tumor cell and CAF interactions through the integration of single-cell data from human tumors with human organoid coculture experiments. Analysis of a comprehensive atlas of PDAC single-cell RNA sequencing data indicated that CAF density is associated with increased inflammation and epithelial–mesenchymal transition (EMT) in epithelial cells. Transfer learning using transcriptional data from patient-derived organoid and CAF cocultures provided in silico validation of CAF induction of inflammatory and EMT epithelial cell states. Further experimental validation in cocultures demonstrated integrin beta 1 (ITGB1) and vascular endothelial factor A (VEGFA) interactions with neuropilin-1 mediating CAF-epithelial cell cross-talk. Together, this study introduces transfer learning from human single-cell data to organoid coculture analyses for experimental validation of discoveries of cell–cell cross-talk and identifies fibroblast-mediated regulation of EMT and inflammation. Significance: Adaptation of transfer learning to relate human single-cell RNA sequencing data to organoid-CAF cocultures facilitates discovery of human pancreatic cancer intercellular interactions and uncovers cross-talk between CAFs and tumor cells through VEGFA and ITGB1.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
1秒前
balabala3发布了新的文献求助10
1秒前
1秒前
1秒前
5秒前
wzyyyyy发布了新的文献求助10
6秒前
7秒前
kls发布了新的文献求助10
7秒前
aaggaga完成签到,获得积分10
7秒前
忧伤的皮皮虾完成签到 ,获得积分10
8秒前
Jasper应助欻欻采纳,获得10
8秒前
9秒前
10秒前
dhhaoyihong发布了新的文献求助10
10秒前
10秒前
科研通AI2S应助简单秋烟采纳,获得10
12秒前
谨慎招牌完成签到,获得积分10
12秒前
13秒前
陈麦子发布了新的文献求助10
13秒前
科研通AI2S应助夏蓉采纳,获得10
14秒前
skywalker发布了新的文献求助10
14秒前
无花果应助kls采纳,获得10
15秒前
华仔应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
充电宝应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
科研通AI2S应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
思源应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
李爱国应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
WW应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
科目三应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
无花果应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
17秒前
曾经听云完成签到,获得积分10
17秒前
云澈完成签到,获得积分10
18秒前
19秒前
dhhaoyihong完成签到,获得积分10
19秒前
敏感绫萱发布了新的文献求助10
20秒前
22秒前
zjy发布了新的文献求助10
22秒前
24秒前
25秒前
高分求助中
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
юрские динозавры восточного забайкалья 800
English Wealden Fossils 700
Chen Hansheng: China’s Last Romantic Revolutionary 500
宽禁带半导体紫外光电探测器 388
COSMETIC DERMATOLOGY & SKINCARE PRACTICE 388
Case Research: The Case Writing Process 300
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3142187
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2793134
关于积分的说明 7805663
捐赠科研通 2449433
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1303289
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 626807
版权声明 601291