Identification of endocrine-disrupting chemicals targeting key DCM-associated genes via bioinformatics and machine learning

小桶 基因 计算生物学 毒理基因组学 生物信息学 生物 全基因组关联研究 单核苷酸多态性 遗传学 转录组 基因表达 基因型
作者
Shu Li,Shuice Liu,Xuefei Sun,Liying Hao,Qinghua Gao
出处
期刊:Ecotoxicology and Environmental Safety [Elsevier BV]
卷期号:274: 116168-116168 被引量:1
标识
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116168
摘要

Dilated cardiomyopathy (DCM) is a primary cause of heart failure (HF), with the incidence of HF increasing consistently in recent years. DCM pathogenesis involves a combination of inherited predisposition and environmental factors. Endocrine-disrupting chemicals (EDCs) are exogenous chemicals that interfere with endogenous hormone action and are capable of targeting various organs, including the heart. However, the impact of these disruptors on heart disease through their effects on genes remains underexplored. In this study, we aimed to explore key DCM-related genes using machine learning (ML) and the construction of a predictive model. Using the Gene Expression Omnibus (GEO) database, we screened differentially expressed genes (DEGs) and performed enrichment analyses of Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathways related to DCM. Through ML techniques combining maximum relevance minimum redundancy (mRMR) and least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) logistic regression, we identified key genes for predicting DCM (IL1RL1, SEZ6L, SFRP4, COL22A1, RNASE2, HB). Based on these key genes, 79 EDCs with the potential to affect DCM were identified, among which 4 (3,4-dichloroaniline, fenitrothion, pyrene, and isoproturon) have not been previously associated with DCM. These findings establish a novel relationship between the EDCs mediated by key genes and the development of DCM.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
33发布了新的文献求助30
1秒前
Jennie发布了新的文献求助10
2秒前
典雅葶发布了新的文献求助10
4秒前
4秒前
王赞完成签到,获得积分10
5秒前
Ysusb完成签到,获得积分10
6秒前
7秒前
7秒前
shinn发布了新的文献求助10
8秒前
cd发布了新的文献求助10
8秒前
9秒前
Luo发布了新的文献求助10
9秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
11秒前
西瓜籽发布了新的文献求助10
11秒前
11秒前
15832369693发布了新的文献求助10
13秒前
13秒前
王梦豪发布了新的文献求助10
13秒前
13秒前
Luo关闭了Luo文献求助
14秒前
33完成签到,获得积分20
16秒前
zpl发布了新的文献求助10
17秒前
沉默网络完成签到 ,获得积分10
17秒前
科目三应助动听幻儿采纳,获得10
18秒前
19秒前
19秒前
20秒前
ldjack发布了新的文献求助10
23秒前
123456发布了新的文献求助10
23秒前
十一发布了新的文献求助10
24秒前
yanyifan完成签到,获得积分10
24秒前
盖世英雄完成签到,获得积分10
25秒前
25秒前
26秒前
欢呼吐司完成签到,获得积分10
27秒前
xiaoqi发布了新的文献求助10
27秒前
27秒前
29秒前
29秒前
chufan完成签到,获得积分10
30秒前
高分求助中
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 700
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
Effective Learning and Mental Wellbeing 300
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3975250
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3519625
关于积分的说明 11199055
捐赠科研通 3255962
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1798001
邀请新用户注册赠送积分活动 877358
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 806298