Coexpression of Neighboring Genes in the Genome of Arabidopsis thaliana

生物 基因组 基因 拟南芥 遗传学 拟南芥 小桶 计算生物学 功能(生物学) 基因表达 转录组 突变体
作者
Elizabeth J. B. Williams,Dianna J. Bowles
出处
期刊:Genome Research [Cold Spring Harbor Laboratory Press]
卷期号:14 (6): 1060-1067 被引量:250
标识
DOI:10.1101/gr.2131104
摘要

Large-scale analyses of expression data of eukaryotic organisms are now becoming increasingly routine. The data sets are revealing interesting and novel patterns of genomic organization, which provide insight both into molecular evolution and how structure and function of a genome interrelate. Our study investigates, for the first time, how genome organization affects expression of a gene in the Arabidopsis genome. The analyses show that neighboring genes are coexpressed. This pattern has been found for all eukaryotic genomes studied so far, but as yet, it remains unclear whether it is due to selective or nonselective influences. We have investigated reasons for coexpression of neighboring genes in Arabidopsis , and our evidence suggests that orientation of gene pairs plays a significant role, with potential sharing of regulatory elements in divergently transcribed genes. Using the data available in the KEGG database, we find evidence that genes in the same pathway are coexpressed, although this is not a major cause for the coexpression of neighboring genes.
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