High throughput sequencing reveals a complex pattern of dynamic interrelationships among human T cell subsets

T细胞受体 生物 细胞命运测定 CD8型 T细胞 主要组织相容性复合体 效应器 计算生物学 遗传学 细胞生物学 进化生物学 免疫系统 基因 转录因子
作者
Chunlin Wang,Catherine Sanders,Qunying Yang,Harry W. Schroeder,Elijah Wang,Farbod Babrzadeh,Baback Gharizadeh,R Myers,James R. Hudson,Ronald W. Davis,Jian Han
出处
期刊:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [Proceedings of the National Academy of Sciences]
卷期号:107 (4): 1518-1523 被引量:257
标识
DOI:10.1073/pnas.0913939107
摘要

Developing T cells face a series of cell fate choices in the thymus and in the periphery. The role of the individual T cell receptor (TCR) in determining decisions of cell fate remains unresolved. The stochastic/selection model postulates that the initial fate of the cell is independent of TCR specificity, with survival dependent on additional TCR/coreceptor “rescue” signals. The “instructive” model holds that cell fate is initiated by the interaction of the TCR with a cognate peptide-MHC complex. T cells are then segregated on the basis of TCR specificity with the aid of critical coreceptors and signal modulators [Chan S, Correia-Neves M, Benoist C, Mathis (1998) Immunol Rev 165: 195–207]. The former would predict a random representation of individual TCR across divergent T cell lineages whereas the latter would predict minimal overlap between divergent T cell subsets. To address this issue, we have used high-throughput sequencing to evaluate the TCR distribution among key T cell developmental and effector subsets from a single donor. We found numerous examples of individual subsets sharing identical TCR sequence, supporting a model of a stochastic process of cell fate determination coupled with dynamic patterns of clonal expansion of T cells bearing the same TCR sequence among both CD4 + and CD8+ populations.

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