Hwangdonia lutea sp. nov., isolated from the Haima cold seep, South China Sea

生物 16S核糖体RNA 系统发育树 拉伤 基因组DNA 细菌 植物 DNA 基因 遗传学 解剖
作者
Qinyu Huang,Lina Lyu,Qiqi Li,Hongfei Su,Jie Li
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:74 (6)
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.006428
摘要

A Gram-stain-negative, orange-yellow, rod-shaped bacterium, designated strain SCSIO 19198 T , was isolated from sediment of the Haima cold seep in the South China Sea, PR China. The strain was aerobic and non-motile. Growth of strain SCSIO 19198 T occurred at pH 7–9 (optimum, pH 7), 15–37 °C (optimum, 25–32 °C) and with 3–8 % (w/v) NaCl (optimum, 3–6 % NaCl). Phylogenetic analyses based on 16S rRNA sequences revealed that strain SCSIO 19198 T belonged to the genus Hwangdonia , having the highest similarity to Hwangdonia seohaensis HD-3 T (98.35 %), followed by Algibacter aquimarinus KYW589 T (95.17 %) and Gelatiniphilus marinus GYP-24 T (94.89 %). The DNA G+C content was 35.92 mol%. The average nucleotide identity value between the genome of strain SCSIO 19198 T and that of H. seohaensis HD-3 T was 88.49 %. The digital DNA–DNA hybridization value between strain SCSIO 19198 T and H. seohaensis HD-3 T was 36 %. The major fatty acids (>10 %) of strain SCSIO 19198 T were iso-C 15 : 0 , iso-C 15 : 1 G, summed feature 3 (C 16 : 1 ω 6 c /C 16 : 1 ω7 c ) and anteiso-C 15 : 0 . MK-6 was the only detected respiratory quinone. The polar lipids of strain SCSIO 19198 T included phosphatidylethanolamine, two aminolipids, glycolipid and two unidentified lipids. The phenotypic, phylogenetic, chemotaxonomic and genomic data clearly suggest that strain SCSIO 19198 T represents a novel species of the genus Hwangdonia , for which the name Hwangdonia lutea sp. nov. is proposed. The type strain is SCSIO 19198 T (=MCCC 1K08674 T =KCTC 102078 T ).
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