Using network analysis to explore co-occurrence patterns in soil microbial communities

生物 操作分类学单元 分类单元 分类等级 生态学 焦测序 群落结构 微生物生态学 微生物种群生物学 栖息地 丰度(生态学) 社区 通才与专种 基因组 生态系统 生物多样性 16S核糖体RNA 基因 古生物学 遗传学 细菌
作者
Albert Barberán,Scott T. Bates,Emilio O. Casamayor,Noah Fierer
出处
期刊:The ISME Journal [Springer Nature]
卷期号:6 (2): 343-351 被引量:1859
标识
DOI:10.1038/ismej.2011.119
摘要

Exploring large environmental datasets generated by high-throughput DNA sequencing technologies requires new analytical approaches to move beyond the basic inventory descriptions of the composition and diversity of natural microbial communities. In order to investigate potential interactions between microbial taxa, network analysis of significant taxon co-occurrence patterns may help to decipher the structure of complex microbial communities across spatial or temporal gradients. Here, we calculated associations between microbial taxa and applied network analysis approaches to a 16S rRNA gene barcoded pyrosequencing dataset containing >160 000 bacterial and archaeal sequences from 151 soil samples from a broad range of ecosystem types. We described the topology of the resulting network and defined operational taxonomic unit categories based on abundance and occupancy (that is, habitat generalists and habitat specialists). Co-occurrence patterns were readily revealed, including general non-random association, common life history strategies at broad taxonomic levels and unexpected relationships between community members. Overall, we demonstrated the potential of exploring inter-taxa correlations to gain a more integrated understanding of microbial community structure and the ecological rules guiding community assembly.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
深情海秋完成签到,获得积分10
刚刚
鹿世倌完成签到 ,获得积分10
刚刚
打打应助皮皮鲁采纳,获得10
刚刚
科研通AI2S应助轻松黑米采纳,获得10
刚刚
猴儿发布了新的文献求助10
1秒前
1秒前
zyc1111111发布了新的文献求助60
1秒前
1秒前
2秒前
田所完成签到,获得积分10
2秒前
2秒前
2秒前
周周完成签到 ,获得积分10
3秒前
3秒前
醉熏的以云完成签到 ,获得积分10
4秒前
华仔应助执着的灵阳采纳,获得10
5秒前
5秒前
5秒前
6秒前
赵先森完成签到 ,获得积分10
6秒前
卞卞发布了新的文献求助10
7秒前
Demon724完成签到,获得积分10
7秒前
英子发布了新的文献求助10
7秒前
8秒前
8秒前
8秒前
天真依玉完成签到,获得积分10
10秒前
Jonathan发布了新的文献求助10
11秒前
WC发布了新的文献求助10
12秒前
皮皮鲁发布了新的文献求助10
12秒前
124332发布了新的文献求助10
13秒前
lhx发布了新的文献求助10
14秒前
YZT8848完成签到,获得积分10
14秒前
赘婿应助魔幻书包采纳,获得50
14秒前
15秒前
皮皮鲁完成签到,获得积分10
16秒前
vivia发布了新的文献求助10
16秒前
18秒前
GG小丁同学完成签到,获得积分10
18秒前
Vena完成签到 ,获得积分10
19秒前
高分求助中
Rock-Forming Minerals, Volume 3C, Sheet Silicates: Clay Minerals 2000
The late Devonian Standard Conodont Zonation 2000
Nickel superalloy market size, share, growth, trends, and forecast 2023-2030 2000
The Lali Section: An Excellent Reference Section for Upper - Devonian in South China 1500
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 910
Development of general formulas for bolted flanges, by E.O. Waters [and others] 600
A new species of Coccus (Homoptera: Coccoidea) from Malawi 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3264696
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2904692
关于积分的说明 8331249
捐赠科研通 2575017
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1399626
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 654521
邀请新用户注册赠送积分活动 633221