Form follows function: Shape analysis of protein cavities for receptor‐based drug design

可药性 结合位点 配体(生物化学) 结合亲和力 亲缘关系 计算生物学 药物发现 小分子 化学 分子结合 血浆蛋白结合 药物设计 蛋白质配体 装订袋 功能(生物学) 立体化学 生物信息学 生物 分子 计算化学 受体 生物化学 遗传学 基因 有机化学
作者
Martin Weisel,Ewgenij Proschak,Jan M. Kriegl,Gisbert Schneider
出处
期刊:Proteomics [Wiley]
卷期号:9 (2): 451-459 被引量:44
标识
DOI:10.1002/pmic.200800092
摘要

Abstract Identification of potential ligand‐binding pockets is an initial step in receptor‐based drug design. While many geometric or energy‐based binding‐site prediction methods characterize the size and shape of protein cavities, few of them offer an estimate of the pocket's ability to bind small drug‐like molecules. Here, we present a shape‐based technique to examine binding‐site druggability from the crystal structure of a given protein target. The method includes the PocketPicker algorithm to determine putative binding‐site volumes for ligand‐interaction. Pocket shape descriptors were calculated for both known ligand binding sites and empty pockets and were then subjected to self‐organizing map clustering. Descriptors were calculated for structures derived from a database of representative drug‐protein complexes with experimentally determined binding affinities to characterize the “druggable pocketome”. The new method provides a means for selecting drug targets and potential ligand‐binding pockets based on structural considerations and addresses orphan binding sites.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
帅玉玉完成签到,获得积分10
刚刚
Remote完成签到,获得积分10
1秒前
w婷完成签到 ,获得积分10
1秒前
ruochenzu发布了新的文献求助10
1秒前
取法乎上完成签到 ,获得积分10
1秒前
淡定自中完成签到 ,获得积分10
1秒前
大橙子发布了新的文献求助10
3秒前
alanbike完成签到,获得积分10
4秒前
哈基米德应助丽丽采纳,获得20
5秒前
隐形曼青应助able采纳,获得10
10秒前
咸鱼已躺平完成签到,获得积分10
12秒前
诡异的饭团完成签到,获得积分10
13秒前
anan完成签到 ,获得积分10
14秒前
常绝山完成签到 ,获得积分10
14秒前
幽默皮皮虾完成签到,获得积分10
14秒前
易止完成签到 ,获得积分10
14秒前
just完成签到,获得积分10
15秒前
17秒前
Disguise完成签到,获得积分10
17秒前
Young4399完成签到 ,获得积分10
17秒前
火星上宛秋完成签到 ,获得积分10
18秒前
18秒前
18秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
18秒前
szh123完成签到 ,获得积分10
19秒前
Luke发布了新的文献求助10
21秒前
mauve完成签到 ,获得积分10
21秒前
丽丽完成签到,获得积分10
25秒前
敏感笑槐完成签到 ,获得积分10
26秒前
Luke完成签到,获得积分10
26秒前
得鹿梦鱼完成签到,获得积分10
27秒前
嗝嗝完成签到,获得积分10
29秒前
Perry应助科研通管家采纳,获得30
29秒前
29秒前
今后应助水晶茶杯采纳,获得10
29秒前
peterlzb1234567完成签到,获得积分10
31秒前
natsu401完成签到 ,获得积分10
34秒前
mmddlj完成签到 ,获得积分10
34秒前
健康的雁凡完成签到,获得积分10
34秒前
稳重完成签到 ,获得积分10
36秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038184
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575908
关于积分的说明 11373872
捐赠科研通 3305715
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819255
邀请新用户注册赠送积分活动 892662
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022