MOVICS: an R package for multi-omics integration and visualization in cancer subtyping

亚型 计算机科学 组学 可视化 背景(考古学) 聚类分析 接口(物质) 数据挖掘 生物信息学 机器学习 生物 程序设计语言 最大气泡压力法 古生物学 气泡 并行计算
作者
Xiaofan Lu,Jialin Meng,Yujie Zhou,Liyun Jiang,Fangrong Yan
出处
期刊:Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:36 (22-23): 5539-5541 被引量:87
标识
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa1018
摘要

Stratification of cancer patients into distinct molecular subgroups based on multi-omics data is an important issue in the context of precision medicine. Here, we present MOVICS, an R package for multi-omics integration and visualization in cancer subtyping. MOVICS provides a unified interface for 10 state-of-the-art multi-omics integrative clustering algorithms, and incorporates the most commonly used downstream analyses in cancer subtyping researches, including characterization and comparison of identified subtypes from multiple perspectives, and verification of subtypes in external cohort using two model-free approaches for multiclass prediction. MOVICS also creates feature rich customizable visualizations with minimal effort. By analysing two published breast cancer cohort, we signifies that MOVICS can serve a wide range of users and assist cancer therapy by moving away from the 'one-size-fits-all' approach to patient care.MOVICS package and online tutorial are freely available at https://github.com/xlucpu/MOVICS.Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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