DNA barcodes for rapid, whole genome, single-molecule analyses

生物 基因组 DNA 基因组DNA 计算生物学 DNA纳米球测序 DNA测序 基因组学 人类基因组 DNA–DNA杂交 遗传学 基因组文库 基因 基序列
作者
Nathaniel Wand,Deb Smith,Andrew A. Wilkinson,Ashleigh E Rushton,Stephen J. W. Busby,Iain B. Styles,Robert K. Neely
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:47 (12): e68-e68 被引量:19
标识
DOI:10.1093/nar/gkz212
摘要

Abstract We report an approach for visualizing DNA sequence and using these ‘DNA barcodes’ to search complex mixtures of genomic material for DNA molecules of interest. We demonstrate three applications of this methodology; identifying specific molecules of interest from a dataset containing gigabasepairs of genome; identification of a bacterium from such a dataset and, finally, by locating infecting virus molecules in a background of human genomic material. As a result of the dense fluorescent labelling of the DNA, individual barcodes of the order 40 kb pairs in length can be reliably identified. This means DNA can be prepared for imaging using standard handling and purification techniques. The recorded dataset provides stable physical and electronic records of the total genomic content of a sample that can be readily searched for a molecule or region of interest.
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