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Machine learning-based integration develops an immune-derived lncRNA signature for improving outcomes in colorectal cancer

免疫系统 结直肠癌 医学 肿瘤科 临床意义 佐剂 计算机科学 生物信息学 免疫学 内科学 癌症 生物
作者
Zaoqu Liu,Long Liu,Siyuan Weng,Chunguang Guo,Qin Dang,Hui Xu,Libo Wang,Taoyuan Lu,Yuyuan Zhang,Zhenqiang Sun,Xinwei Han
出处
期刊:Nature Communications [Nature Portfolio]
卷期号:13 (1) 被引量:421
标识
DOI:10.1038/s41467-022-28421-6
摘要

Long noncoding RNAs (lncRNAs) are recently implicated in modifying immunology in colorectal cancer (CRC). Nevertheless, the clinical significance of immune-related lncRNAs remains largely unexplored. In this study, we develope a machine learning-based integrative procedure for constructing a consensus immune-related lncRNA signature (IRLS). IRLS is an independent risk factor for overall survival and displays stable and powerful performance, but only demonstrates limited predictive value for relapse-free survival. Additionally, IRLS possesses distinctly superior accuracy than traditional clinical variables, molecular features, and 109 published signatures. Besides, the high-risk group is sensitive to fluorouracil-based adjuvant chemotherapy, while the low-risk group benefits more from bevacizumab. Notably, the low-risk group displays abundant lymphocyte infiltration, high expression of CD8A and PD-L1, and a response to pembrolizumab. Taken together, IRLS could serve as a robust and promising tool to improve clinical outcomes for individual CRC patients.
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