Dynamics of 8-Oxoguanine in DNA: Decisive Effects of Base Pairing and Nucleotide Context

化学 DNA糖基化酶 碱基对 DNA 背景(考古学) 穆提 鸟嘌呤 DNA损伤 核苷酸 生物化学 基因 生物 古生物学
作者
Sergey S. Ovcherenko,Аndrey V. Shernyukov,Dmitry M. Nasonov,Anton V. Endutkin,Dmitry O. Zharkov,Elena G. Bagryanskaya
出处
期刊:Journal of the American Chemical Society [American Chemical Society]
卷期号:145 (10): 5613-5617 被引量:6
标识
DOI:10.1021/jacs.2c11230
摘要

8-Oxo-7,8-dihydroguanine (oxoG), an abundant DNA lesion, can mispair with adenine and induce mutations. To prevent this, cells possess DNA repair glycosylases that excise either oxoG from oxoG:C pairs (bacterial Fpg, human OGG1) or A from oxoG:A mispairs (bacterial MutY, human MUTYH). Early lesion recognition steps remain murky and may include enforced base pair opening or capture of a spontaneously opened pair. We adapted the CLEANEX-PM NMR protocol to detect DNA imino proton exchange and analyzed the dynamics of oxoG:C, oxoG:A, and their undamaged counterparts in nucleotide contexts with different stacking energy. Even in a poorly stacking context, the oxoG:C pair did not open easier than G:C, arguing against extrahelical base capture by Fpg/OGG1. On the contrary, oxoG opposite A significantly populated the extrahelical state, which may assist recognition by MutY/MUTYH.

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