Deciphering the Early Mouse Embryo Transcriptome by Low-Input RNA-Seq

转录组 胚胎 RNA序列 计算生物学 生物 遗传学 进化生物学 细胞生物学 基因 基因表达
作者
Raquel Pérez-Palacios,Patricia Fauque,Aurélie Teissandier,Déborah Bourc’his
出处
期刊:Methods in molecular biology 卷期号:: 189-205 被引量:2
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-0958-3_13
摘要

Early preimplantation embryos are precious and scarce samples that contain limited numbers of cells, which can be problematic for quantitative gene expression analyses. Nonetheless, low-input genome-wide techniques coupled with cDNA amplification steps have become a gold standard for RNA profiling of as minimal as a single blastomere. Here, we describe a single-cell/single-embryo RNA sequencing (RNA-seq) method, from embryo collection to sample validation steps prior to DNA library preparation and sequencing. Key quality controls and external Spike-In normalization approaches are also detailed.

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