Off-Target Analysis in Gene Editing and Applications for Clinical Translation of CRISPR/Cas9 in HIV-1 Therapy

清脆的 基因组编辑 计算生物学 核酸酶 Cas9 生物 引导RNA 遗传学 DNA 基因
作者
Andrew Atkins,Cheng-Han Chung,Alexander G. Allen,Will Dampier,Theodore E Gurrola,Ilker K. Sariyer,Michael R. Nonnemacher,Brian Wigdahl
出处
期刊:Frontiers in genome editing [Frontiers Media SA]
卷期号:3 被引量:43
标识
DOI:10.3389/fgeed.2021.673022
摘要

As genome-editing nucleases move toward broader clinical applications, the need to define the limits of their specificity and efficiency increases. A variety of approaches for nuclease cleavage detection have been developed, allowing a full-genome survey of the targeting landscape and the detection of a variety of repair outcomes for nuclease-induced double-strand breaks. Each approach has advantages and disadvantages relating to the means of target-site capture, target enrichment mechanism, cellular environment, false discovery, and validation of bona fide off-target cleavage sites in cells. This review examines the strengths, limitations, and origins of the different classes of off-target cleavage detection systems including anchored primer enrichment (GUIDE-seq), in situ detection (BLISS), in vitro selection libraries (CIRCLE-seq), chromatin immunoprecipitation (ChIP) (DISCOVER-Seq), translocation sequencing (LAM PCR HTGTS), and in vitro genomic DNA digestion (Digenome-seq and SITE-Seq). Emphasis is placed on the specific modifications that give rise to the enhanced performance of contemporary techniques over their predecessors and the comparative performance of techniques for different applications. The clinical relevance of these techniques is discussed in the context of assessing the safety of novel CRISPR/Cas9 HIV-1 curative strategies. With the recent success of HIV-1 and SIV-1 viral suppression in humanized mice and non-human primates, respectively, using CRISPR/Cas9, rigorous exploration of potential off-target effects is of critical importance. Such analyses would benefit from the application of the techniques discussed in this review.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
自由的自中完成签到 ,获得积分10
1秒前
少年旭完成签到,获得积分10
7秒前
HalaMadrid完成签到,获得积分10
11秒前
PG完成签到 ,获得积分0
16秒前
顾矜应助科研通管家采纳,获得10
18秒前
田様应助科研通管家采纳,获得10
18秒前
花阳年华完成签到 ,获得积分10
18秒前
20秒前
心之所向完成签到 ,获得积分10
23秒前
大意的晓亦完成签到 ,获得积分10
23秒前
落后访风完成签到,获得积分10
23秒前
感动归尘完成签到,获得积分10
24秒前
27秒前
librahapper完成签到 ,获得积分10
27秒前
李建勋完成签到 ,获得积分10
31秒前
甜甜的问芙完成签到 ,获得积分10
41秒前
霜序初四完成签到 ,获得积分10
41秒前
体贴的小翠完成签到,获得积分10
43秒前
清脆的乌冬面完成签到,获得积分10
44秒前
飞快的采柳完成签到,获得积分10
47秒前
小梦完成签到,获得积分10
48秒前
容容容完成签到 ,获得积分10
54秒前
不可靠月亮完成签到,获得积分10
1分钟前
文心同学完成签到,获得积分10
1分钟前
Behappy完成签到 ,获得积分10
1分钟前
drizzling完成签到,获得积分10
1分钟前
ming完成签到,获得积分10
1分钟前
烫嘴普通话完成签到,获得积分10
1分钟前
congcong完成签到 ,获得积分10
1分钟前
可靠月亮完成签到,获得积分10
1分钟前
年月日完成签到,获得积分10
1分钟前
勤恳的书文完成签到 ,获得积分10
1分钟前
黑暗与黎明完成签到 ,获得积分10
1分钟前
羞涩的小小完成签到 ,获得积分10
1分钟前
Keyuuu30完成签到,获得积分10
1分钟前
wbb完成签到 ,获得积分10
1分钟前
YYY完成签到,获得积分10
1分钟前
mousehe完成签到,获得积分10
1分钟前
无限秋天完成签到 ,获得积分10
1分钟前
Kong完成签到,获得积分10
1分钟前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2800
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
Rechtsphilosophie 1000
Bayesian Models of Cognition:Reverse Engineering the Mind 888
Defense against predation 800
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 568
Chen Hansheng: China’s Last Romantic Revolutionary 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3137039
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2788032
关于积分的说明 7784295
捐赠科研通 2444102
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1299724
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 625536
版权声明 601010