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Interpreting Image‐based Profiles using Similarity Clustering and Single‐Cell Visualization

可视化 计算机科学 仿形(计算机编程) 脚本语言 聚类分析 图像(数学) 数据可视化 协议(科学) 数据挖掘 相似性(几何) 模式识别(心理学) 人工智能 情报检索 医学 替代医学 病理 操作系统
作者
Fernanda Garcia-Fóssa,Mário Costa Cruz,Marzieh Haghighi,Marcelo Bispo de Jesus,Shantanu Singh,Anne E. Carpenter,Beth A. Cimini
出处
期刊:Current protocols [Wiley]
卷期号:3 (3) 被引量:12
标识
DOI:10.1002/cpz1.713
摘要

Abstract Image‐based profiling quantitatively assesses the effects of perturbations on cells by capturing a breadth of changes via microscopy. Here, we provide two complementary protocols to help explore and interpret data from image‐based profiling experiments. In the first protocol, we examine the similarity among perturbed cell samples using data from compounds that cluster by their mechanisms of action. The protocol includes steps to examine feature‐driving differences between samples and to visualize correlations between features and treatments to create interpretable heatmaps using the open‐source web tool Morpheus. In the second protocol, we show how to interactively explore images together with the numerical data, and we provide scripts to create visualizations of representative single cells and image sites to understand how changes in features are reflected in the images. Together, these two tutorials help researchers interpret image‐based data to speed up research. © 2023 The Authors. Current Protocols published by Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1 : Exploratory analysis of profile similarities and driving features Basic Protocol 2 : Image and single‐cell visualization following profile interpretation
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