Fast gapped-read alignment with Bowtie 2

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作者
Ben Langmead,Steven L. Salzberg
出处
期刊:Nature Methods [Springer Nature]
卷期号:9 (4): 357-359 被引量:44956
标识
DOI:10.1038/nmeth.1923
摘要

The Bowtie 2 software achieves fast, sensitive, accurate and memory-efficient gapped alignment of sequencing reads using the full-text minute index and hardware-accelerated dynamic programming algorithms. As the rate of sequencing increases, greater throughput is demanded from read aligners. The full-text minute index is often used to make alignment very fast and memory-efficient, but the approach is ill-suited to finding longer, gapped alignments. Bowtie 2 combines the strengths of the full-text minute index with the flexibility and speed of hardware-accelerated dynamic programming algorithms to achieve a combination of high speed, sensitivity and accuracy.
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